此時晉陽城守將叛燕，逼使慕容農率眾東走。長孫肥率眾追擊，在潞川追上，慕容農妻兒被擄，只率三騎逃回中山。拓跋珪于是攻取并州之地，并置官員治理當地。

隨后，拓跋珪命于栗磾及公孫蘭等暗中開通昔日韓信在井陘用過的路，并在十月率軍取道該路進攻中山城。其時燕軍決意嬰城自守，打持久戰(zhàn)，于是拓跋珪在攻下常山后，其東各郡縣的官員不是棄城就是投降，北魏于是輕易地得到中原大部分郡縣歸附，僅余中山、鄴及信都三城仍然拒守。

拓跋珪于是兵分三路分攻三城：自攻中山，拓跋儀攻鄴及王建、李栗攻信都。然而，拓跋珪在攻中山城時遭燕軍力拒，于是暫時放棄進攻中山，改南取其余二城。

皇始二年（397年）正月，拓跋珪加入進攻信都，終于逼得后燕守將宜都王慕容鳳棄城出走，但其時后燕重臣范陽王慕容德卻成功離間進攻鄴城的拓跋儀及賀賴盧，令他們退兵，并乘機從后追擊，大破魏軍。

三月，燕帝慕容寶向拓跋珪求和，并說要送還拓跋觚，并割讓常山以西土地。拓跋珪已答允，但慕容寶卻反悔，拓跋珪于是進圍中山。

最終慕容寶等人棄中山城出走，拓跋珪原本打算在該晚入城，王建則以士兵會乘夜盜取城中財寶為由勸阻，拓跋珪于是等到日出才入城?？墒悄饺菰攨s趁機自立為主，閉門拒守，拓跋珪試圖強攻但攻了幾日都不果，于是試圖勸降，可是城中軍民卻表示擔心會有昔日在參合陂被殺的燕降卒一樣的下場，所以堅守到最后。

拓跋珪想起當日勸他殺俘的正是王建，導致難取中山，于是向其吐口水。至五月，拓跋珪撤圍，到河間補充軍糧。在圍攻中山的同時，拓跋珪派庾岳率兵討平國內反叛的賀蘭部、紇鄰部及紇奚部，成功解決內亂。