登國(guó)六年（391年），賀蘭部?jī)?nèi)亂，賀染干和賀訥互相攻擊，拓跋珪亦自請(qǐng)為向?qū)?，?qǐng)后燕出兵討伐。

但事實(shí)上隨著國(guó)力日強(qiáng)，雄心勃勃的拓跋珪已開(kāi)始蔭生滅燕之心了；后燕亦想控御住拓跋氏；雙方的關(guān)系實(shí)際上很微妙。

而就在拓跋珪自請(qǐng)為向?qū)в尯笱喑霰懛ベR蘭部的同一年，后燕將北魏來(lái)使拓跋觚扣留，以向北魏求名馬，拓跋珪拒絕。拓跋觚是以一直遭后燕扣留，此后兩國(guó)關(guān)系惡化。北魏轉(zhuǎn)而聯(lián)結(jié)西燕對(duì)付后燕。

登國(guó)九年（394年）六月后燕帝慕容垂出兵進(jìn)攻西燕，圍攻其都長(zhǎng)子，西燕帝慕容永向北魏求援，拓跋珪遂派陳留公拓跋虔及庾岳救援西燕，可是援軍尚未趕到，長(zhǎng)子就已失陷。慕容永及其公卿大將三十多人都被誅殺，西燕亡。華北一帶只剩北魏與后燕兩國(guó)互相對(duì)峙，魏燕之戰(zhàn)一觸即發(fā)。

登國(guó)十年（395年）本已年邁不欲征伐的慕容垂在諸子與其弟慕容德的請(qǐng)求下，于同年五月派其太子慕容寶率其諸子弟統(tǒng)步騎九萬(wàn)八千人伐魏。拓跋珪知后燕大軍前來(lái)，率眾到河西避戰(zhàn)。

燕軍于七月到五原后收降魏別部三萬(wàn)多家人，又征收谷物及造船打算渡河進(jìn)攻。拓跋珪亦進(jìn)軍河邊，與燕軍對(duì)峙。北魏一方面派許謙向后秦請(qǐng)求援兵，一面派兵堵截燕軍與后燕都城中山的道路，并抓住取道去前線的燕國(guó)使者。

因著慕容垂在出兵時(shí)已經(jīng)患病，而堵截道路令慕容寶久久都不知道國(guó)內(nèi)消息，拓跋珪于是逼令抓到的使者向燕軍謊稱慕容垂的死訊，成功動(dòng)搖燕軍將士的軍心。燕魏兩軍自九月起隔河對(duì)峙至十月，燕軍終因內(nèi)亂而被迫燒船撤退。