拓跋珪接著增厚包圍圈，防止姚平突圍或姚興強攻，另外聽從安同所言，筑浮橋渡汾河，并在西岸筑圍拒秦軍，引秦軍走汾東的蒙坑。姚興到后果走蒙坑，遭拓跋珪擊敗。

拓跋珪又派兵各據(jù)險要，阻止秦軍接近柴壁。至十月，姚平糧盡突圍但失敗，于是率部投水自殺，拓跋珪更派擅長游泳的人下水打撈自殺者，又生擒狄伯支等四十多名后秦官員，二萬多名士兵亦束手就擒。

姚興雖然能夠與姚平遙相呼應(yīng)，但無力救援，柴壁敗后多次派人請和，但拓跋珪不準，反而要進攻蒲阪，只是當時姚緒堅守不戰(zhàn)，且早于登國九年（394年）背魏再興的柔然汗國要攻魏，迫使拓跋珪不得不撤兵。

拓跋珪是怎么死的？

拓跋珪晚年服食寒食散，剛愎自用，猜忌多疑。常因想起昔日的些許不滿，就要誅殺大臣。大臣們大都惶恐度日，影響辦事能力，以致偷竊等行為十分猖獗。

天賜四年（407年）至天賜六年（409年）間，拓跋珪先后誅殺了司空庾岳、北部大人賀狄干兄弟及高邑公莫題父子。往日曾與穆崇共謀刺殺拓跋珪的拓跋儀，雖然因拓跋珪念其功勛而沒被追究，但眼見拓跋珪殺害大臣，于是自疑逃亡，但還是被追兵抓住，并被賜死。

天賜六年十月十三日（409年11月6日），皇次子拓跋紹之母賀夫人有過失，拓跋珪幽禁她于宮中，準備處死。到黃昏時仍未決。賀氏秘密向拓跋紹求救。

拓跋紹與宮中守兵及宦官串通，當晚帶人翻墻入宮，刺殺拓跋珪。拓跋珪在拓跋紹來到時驚醒，試圖找武器反擊但不果，終為其所殺，時年三十九歲。葬于云中金陵，具體地點不詳。