3月18日，段祺瑞及北京國務(wù)院通電謂本日慘案乃徐謙等鼓動(dòng)所致，下令通緝徐謙、李大釗、李石曾、易培基、顧孟余五人。朱家驊、蔣夢麟、魯迅等幾十人也上了黑名單。

徐謙等乃避入蘇聯(lián)使館。李大釗、魯迅等人被迫轉(zhuǎn)移，國共兩黨領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)則遷入蘇聯(lián)使館。這就伏下后來張氏父子查抄蘇聯(lián)使館契機(jī)。

全國輿論沸騰。3月19日，各地輿論紛紛譴責(zé)國務(wù)院門口屠殺。3月20日，北京政府自知理屈，國務(wù)總理賈德耀引咎辭職。執(zhí)政段祺瑞亦明令撫恤死者，醫(yī)治傷者。

同日，中共中央發(fā)表《為段祺瑞屠殺人民告全國民眾書》，號召“全國商人、學(xué)生、工人、農(nóng)民、兵士，應(yīng)急起聯(lián)合起來，不分黨派，一致奮斗，發(fā)動(dòng)一個(gè)比‘五卅’運(yùn)動(dòng)更偉大的運(yùn)動(dòng)，以雪最后通牒之恥”。

3月23日，北京各界人士、各社會團(tuán)體、各學(xué)校齊聚北京大學(xué)大操場，為亡靈們舉行“三·一八死難烈士追悼大會”。

魯迅題寫挽聯(lián)：“死了倒也罷了，活著又怎么做。”后又就此慘案連續(xù)寫了七篇檄文。由劉半農(nóng)作詞、趙元任譜曲的哀歌唱遍京城。

強(qiáng)大民意壓力迫使段祺瑞政府召集非常會議，通過了屠殺首犯“應(yīng)聽候國民處分”的決議；京師地方檢察廳對慘案進(jìn)行了調(diào)查取證并正式認(rèn)定：“此次集會請?jiān)缸谥忌袑僬?dāng)，又無不正侵害之行為，而衛(wèi)隊(duì)官兵遽行槍斃死傷多人，實(shí)有觸犯刑律第311條之重大嫌疑?！?