同年八月，被任命為起居郎，蘇轍上疏請辭，旋即權(quán)任中書舍人，不久后正式擔(dān)任中書舍人。

起初，神宗因西夏內(nèi)亂而派兵進(jìn)攻，于是在熙河增設(shè)蘭州，在延安增設(shè)安疆、米脂等五寨。元祐二年（1087年），西夏派使者賀哲宗登位，使者返回，尚未出境，西夏又派使者入境。朝廷知道他們有請求蘭州、五寨土地的意思，大臣討論守或棄尚未決定。蘇轍建議答應(yīng)西夏所請，朝廷便允許還西夏五寨。

元祐四年（1089年），蘇轍權(quán)任吏部尚書。八月，任賀遼國生辰國信使，與刑部侍郎趙君錫出使遼國。

五、拜相參政

元祐五年（1090年）五月，蘇轍被任命為龍圖閣直學(xué)士、御史中丞。十二月，任龍圖閣學(xué)士。

元祐六年（1091年）二月，任中大夫、守尚書右丞。當(dāng)時蘇軾遭人排擠，乞求外任，蘇轍也隨兄連上四札，也乞外任，但未獲準(zhǔn)許。

元祐七年（1092年）四月，朝廷命蘇轍代理太尉、充任冊皇后告期使。六月，任太中大夫、守門下侍郎。十一月，朝廷因郊祀天地而特加蘇轍為護(hù)軍，進(jìn)爵開國伯，實(shí)封食邑二百戶。

六、連遭貶謫

元祐八年（1093年），哲宗親政，新法派重新得勢。

紹圣元年（1094年），門下侍郎李清臣主持科考，出題批駁元祐政事。他上書反對哲宗恢復(fù)熙寧新法，被貶知汝州。

過了幾個月，元豐時諸臣都在朝廷任職，再貶蘇轍為左朝議大夫、知袁州。未到任，又于七月降為左朝議大夫、試少府監(jiān)，分司南京，筠州居住處分。