民國(guó)二十四年（1935年），17歲的南懷瑾和姨表姐王翠鳳結(jié)婚，并有了長(zhǎng)子南舜銓。同年又離開(kāi)溫州，前往浙江國(guó)術(shù)館習(xí)武，并于浙江國(guó)立藝術(shù)院學(xué)習(xí)國(guó)術(shù)訓(xùn)練員專修班第二期畢業(yè)、中央軍校政治研究班第十期畢業(yè)、金陵大學(xué)研究院社會(huì)福利系肄業(yè)，并獲得了武術(shù)教官的資格。

民國(guó)二十五年（1936年），南懷瑾回家度暑假，妻子后來(lái)生下次子南小舜。

民國(guó)二十六年（1937年），時(shí)值抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，20歲的南懷瑾只身入川，考入中央軍校政治研究班第十期，畢業(yè)后返蜀執(zhí)教進(jìn)入中央軍校軍官教育隊(duì)。

民國(guó)二十八年（1939年），南懷瑾自任大小涼山墾殖公司總經(jīng)理兼地方自衛(wèi)團(tuán)總指揮，屯墾戍邊。后又被調(diào)回任軍校政治教官。其間，曾在華西壩金陵大學(xué)研究社會(huì)福利學(xué)，以期服務(wù)社會(huì)大眾，潛心于佛典。

民國(guó)三十一年（1942年），南懷瑾辭去中央軍校教官之職，棄隱灌縣（今都江堰市）靈巖寺，結(jié)識(shí)青城派劍術(shù)高手王青風(fēng)，其后，南懷瑾為求深研佛法，便悄然離開(kāi)成都。

民國(guó)三十二年（1943年）春，南懷瑾結(jié)識(shí)了袁煥仙，晤談之下，遂為忘年之交。禪門虛云老和尚蒞臨重慶，主持護(hù)國(guó)息災(zāi)法會(huì)，袁煥仙閉關(guān)期滿，袁煥仙攜南懷瑾赴渝禮請(qǐng)?zhí)撛评虾蜕谢氐匠啥检`巖寺成立了維摩精舍弘法，南懷瑾追隨左右，遂拜門墻，成為維摩精舍開(kāi)山首座弟子，潛心修道參禪，多有會(huì)心之處。於一九四三年初春，在袁煥老的家中度春節(jié)後，前往峨嵋山擬閉關(guān)三年。到了一九四五年秋，突接密報(bào)，謂有人意欲加害，故匆忙離山返回成都，繼續(xù)在五通橋閉關(guān)以滿三年之愿。