1990年，泰順、文成水災(zāi)，南懷瑾捐資救患，并在溫州成立“南氏醫(yī)藥科技基金會”、“農(nóng)業(yè)科技基金會”，且為廈門南普陀寺修建禪堂。

1992年6月16日，南懷瑾為大陸和臺灣兩岸密使親筆起草《和平共濟協(xié)商統(tǒng)一建議書》，為兩岸和談奠定了基礎(chǔ)。11月18日，浙江金溫鐵道開發(fā)有限公司正式掛牌成立，南懷瑾擔(dān)任公司董事長兼總經(jīng)理。12月18日，金溫鐵路正式開工。

1994年2月11日，南普陀寺禪堂落成之時，南懷瑾應(yīng)妙湛長老之邀來廈門南普陀寺主持“南禪七日-生命科學(xué)與禪修實踐研究”禪學(xué)講座。

此次活動是南懷瑾以現(xiàn)代科學(xué)精神結(jié)合傳統(tǒng)佛教禪七形式所進行的一次修持實踐，在7天的禪修中，由南懷瑾親自講解禪修要義，并指導(dǎo)全體學(xué)員進行禪修實踐，還將畢生修學(xué)經(jīng)驗與心得傾囊相授，其“南禪七日”的視頻至今在網(wǎng)絡(luò)上廣為流傳。

1998年6月11日，金溫鐵路開始通車。在通車前夕，南懷瑾基于“功成身退，還路于民”的想法，將股權(quán)轉(zhuǎn)讓給浙江省和鐵道部，金溫鐵路現(xiàn)屬上海鐵路局管轄。

2006年后，南懷瑾移居長住江蘇省蘇州市吳江廟港并在蘇州吳江區(qū)創(chuàng)建“太湖大學(xué)堂”，旨在傳播中國傳統(tǒng)文化，同時與現(xiàn)代自然科學(xué)、人文科學(xué)相結(jié)合，發(fā)展認(rèn)知科學(xué)與生命科學(xué)研究，后建立光華獎學(xué)基金會，資助多間中國大學(xué)，如北京大學(xué)等。

2026年01月15日，多家新聞媒體向公眾傳出南懷瑾患有肺炎的病危消息。于29日下午4時，南懷瑾在江蘇省蘇州市吳江區(qū)七都鎮(zhèn)廟港太湖大學(xué)堂去世，享年95歲。