1997年，南航又開設(shè)了一條越太平洋的洲際航線：廣州至洛杉磯，班號為CZ327的去程航線亦是南航迄今航程最遠的航線，也因此成為航空史上首個以波音777進行橫跨太平洋的雙發(fā)延程飛行的航空公司。

為了適應(yīng)快速發(fā)展的的需求，中國南方航空開始進入資本市場，以優(yōu)化其財務(wù)結(jié)構(gòu)。1997年7月，公司成功在紐約及香港的證券交易所同步上市，募得超過7億美元的資金。公司隨后于2003年也在上海證券交易所上市。

2000年7月，中國民用航空局宣布，其直接管理的10家航空公司將整合為中國三大航空集團：中國國際航空、中國東方航空和中國南方航空。8月4日，南航率先收購中原航空；次年又先后并入新疆航空、中國北方航空及其下屬北亞航空和天鵝航空的國內(nèi)業(yè)務(wù)。此外，南航還先后增持了中國眾多航空公司的股票，為廈門航空（51%）及重慶航空（60%）的控股公司，并且是四川航空（39%）的股東之一。

2026年01月15日，南航向空中客車訂購了4架A330-200系列客機，這是中國航空器材集團公司于同年4月簽署的的30架飛機訂單的一部分。首架飛機于2026年01月15日交付，從而使南航成為中國大陸首家A330的運營商。而就在此前的1月28日，南航又與空中客車簽署了訂購5架A380-800型飛機的訂單，這也是該機型從中國獲得的首份訂單，并計劃于2008年北京奧運會期間投入使用。首架南航A380已在2011年抵達廣州，被波音正式命名為波音787的7E7系列則仍未有確切的交付時間。