1997年，南航又開設(shè)了一條越太平洋的洲際航線：廣州至洛杉磯，班號(hào)為CZ327的去程航線亦是南航迄今航程最遠(yuǎn)的航線，也因此成為航空史上首個(gè)以波音777進(jìn)行橫跨太平洋的雙發(fā)延程飛行的航空公司。

為了適應(yīng)快速發(fā)展的的需求，中國(guó)南方航空開始進(jìn)入資本市場(chǎng)，以優(yōu)化其財(cái)務(wù)結(jié)構(gòu)。1997年7月，公司成功在紐約及香港的證券交易所同步上市，募得超過(guò)7億美元的資金。公司隨后于2003年也在上海證券交易所上市。

2000年7月，中國(guó)民用航空局宣布，其直接管理的10家航空公司將整合為中國(guó)三大航空集團(tuán)：中國(guó)國(guó)際航空、中國(guó)東方航空和中國(guó)南方航空。8月4日，南航率先收購(gòu)中原航空；次年又先后并入新疆航空、中國(guó)北方航空及其下屬北亞航空和天鵝航空的國(guó)內(nèi)業(yè)務(wù)。此外，南航還先后增持了中國(guó)眾多航空公司的股票，為廈門航空（51%）及重慶航空（60%）的控股公司，并且是四川航空（39%）的股東之一。

2026年03月04日，南航向空中客車訂購(gòu)了4架A330-200系列客機(jī)，這是中國(guó)航空器材集團(tuán)公司于同年4月簽署的的30架飛機(jī)訂單的一部分。首架飛機(jī)于2026年03月04日交付，從而使南航成為中國(guó)大陸首家A330的運(yùn)營(yíng)商。而就在此前的1月28日，南航又與空中客車簽署了訂購(gòu)5架A380-800型飛機(jī)的訂單，這也是該機(jī)型從中國(guó)獲得的首份訂單，并計(jì)劃于2008年北京奧運(yùn)會(huì)期間投入使用。首架南航A380已在2011年抵達(dá)廣州，被波音正式命名為波音787的7E7系列則仍未有確切的交付時(shí)間。