1689年《尼布楚條約》后割讓給沙俄額爾古納河以西和外興安嶺以北，東北地區(qū)疆域退至外興安嶺、烏第河、貝加爾湖南岸一線以南地域。清末中國衰弱，第二次鴉片戰(zhàn)爭中俄國掠去了外興安嶺以南，黑龍江以北、烏蘇里江以東包括庫頁島，八國聯(lián)軍侵華戰(zhàn)爭中血洗江東六十四屯。東北版圖最后縮至今日模樣。沙俄在東北共攫取了十余個江蘇省面積的領(lǐng)土！

隨著人口增加，土地開墾，中原先進(jìn)生產(chǎn)技術(shù)的推廣，東北農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的基本輪廓大致形成。在農(nóng)業(yè)發(fā)展的同時，商業(yè)、手工業(yè)隨之興起，出現(xiàn)了沈陽、遼陽、錦州、長春、吉林、寧安、遼源、哈爾濱等經(jīng)濟(jì)中心。

清軍入關(guān)后，于清朝初年，在東北設(shè)置了盛京將軍、寧古塔（吉林）將軍和黑龍江將軍，三將軍的轄區(qū)在管理方式、行政制度及土地占有形式方面有別于中原地區(qū)。多爾袞就在1644年下令嚴(yán)令禁止?jié)h人進(jìn)入所謂的“龍興之地”墾殖。這就是“禁關(guān)令”。

雖然清朝于1692年開始向東北地區(qū)派遣八旗及漢軍移民，但清初滿洲人傾族入關(guān)后東北人口更加稀少，清朝統(tǒng)治者視東北為“祖宗肇跡興王之所”，借口保護(hù)“參山珠河之利”，長期對東北實(shí)行封禁政策。與“禁關(guān)令”相關(guān)的詞匯除了“禁關(guān)令”外，還有兩個：“柳條邊”和“闖關(guān)東”。

為了嚴(yán)格執(zhí)行“禁關(guān)令”，從順治年間開始，清朝政府不惜代價于東北境內(nèi)分段修筑了一千多公里名為“柳條邊”的籬笆墻，也稱柳條邊墻、柳墻、柳城、條子邊，至康熙中期完成。從山海關(guān)經(jīng)開原、新賓至鳳城南的柳條邊為“老邊”；自開原東北至至今吉林市北的為“新邊”。邊墻以東的滿洲嚴(yán)禁越界墾殖，邊墻以西則作為清朝的同盟者蒙古貴族的駐牧地。清朝對東北的封禁造成了東北人口稀薄，最終為俄國對中國東北的蠶食創(chuàng)造了有利的條件。