西漢初時，焉耆國是匈奴的附屬國。公元前60年（西漢神爵二年），漢朝設(shè)置西域都護，在焉耆西南的烏壘城駐扎軍隊，監(jiān)視、保護絲綢之路北道的各國。東漢初年，焉耆被莎車國征服，淪為莎車國的附屬國。公元75年（東漢明帝永平十八年），焉耆國又被匈奴的殘余勢力征服。直到公元91年（東漢和帝永元三年），班超到達(dá)西域，降服龜茲，重設(shè)都護府，焉耆等國受匈奴挾持，不肯降服。公元127年（東漢順帝永建二年），漢軍攻入焉耆，焉耆王元孟遣子入東漢為質(zhì)，表示歸順。三國時期，焉耆國漸漸強大，成為絲路北道的大國。公元448年（北魏太平真君九年），焉耆被北魏軍打敗，北魏在此設(shè)鎮(zhèn)管轄。經(jīng)此一敗，焉耆國勢大衰，不久就又被柔然、高車控制，又被嚈噠（yàn d?。┢茰?。后來，焉耆龍姓王族重新執(zhí)政，焉耆國才重新振興。

之后，焉耆國又曾先后附屬于西突厥、鐵勒、隋朝。唐朝時，焉耆國與唐朝加強了聯(lián)系，武則天就在焉耆設(shè)立了西域都護府，焉耆成為唐安西都護府下屬四鎮(zhèn)之一。但唐中期爆發(fā)了安史之亂，對西域的控制力下降，吐蕃趁機攻占了焉耆。不久，回鶻打敗吐蕃，焉耆歸屬漠北回鶻汗國，國王與回鶻族官吏共同執(zhí)政。回鶻汗國崩潰后，回鶻人進入焉耆國，成為統(tǒng)治者，焉耆龍姓王朝終結(jié)，直到蒙古興起后，焉耆國仍是回鶻人的領(lǐng)地。13世紀(jì)末，回鶻人的畏兀兒王國滅亡，焉耆也結(jié)束了獨立或半獨立的時代，不復(fù)以國的形式存在了。

西域神駒焉耆馬

說到寶馬良駒，很多人都知道當(dāng)年的大宛國有號稱“天馬”的大宛馬，卻很少有人知道焉耆馬也是久享聲譽的優(yōu)良馬種。早在漢朝時，焉耆馬就在中原和西域享有盛名，到隋唐時，焉耆年產(chǎn)馬達(dá)10萬匹。