朱元璋當(dāng)了皇帝后，仍時(shí)?；貞浧瘃R皇后的賢德，將她比作唐代的長孫皇后，馬氏也經(jīng)常向朱元璋勸諫，要他善待大臣們。當(dāng)朱元璋屢次提到要尋訪馬皇后的宗族親戚進(jìn)行封賞時(shí)，馬氏就以前代外戚為禍而遭難之由婉拒。在她主理下，“后妃居宮中，不預(yù)一發(fā)之政，外戚循理謹(jǐn)度，無敢恃寵以病民，漢唐以來所不及?！边@是非常難能可貴的。

朱元璋為保證天下的穩(wěn)定，十分殘酷地株連打擊功臣豪強(qiáng)，馬皇后對(duì)此并不贊同，并保護(hù)了一些人。據(jù)《明史·高皇后傳》記載，有一次有人上告說參軍郭景祥的兒子要?dú)⒏赣H，朱元璋就下令將這個(gè)不孝子殺掉，被馬皇后勸止了。她說：“郭景祥只有這一個(gè)兒子，如果所說不實(shí)的話，殺了就會(huì)絕后?！焙髞硪徊楣皇窃┩鳌＿€有，明初做過太子老師的大學(xué)者宋濂，告老還鄉(xiāng)后，卻因?yàn)閷O子涉及胡惟庸案而被株連，被逮到京師要處死，也是在馬氏的極力庇佑下才得幸免于難。

朱元璋、馬皇后劇照

朱元璋立國之初，刑罰非?？量?，經(jīng)常會(huì)法外用刑。對(duì)此，馬皇后又說，法律經(jīng)常變更就會(huì)造成弊病，會(huì)導(dǎo)致奸詐之人禍?zhǔn)聟采葦_亂了老百姓的生活，又容易生出亂子。有一次，朱元璋下令將判了死刑的囚犯都押去修都城，以此贖死，馬皇后知道后委婉地勸說：“以勞役來代替死刑是仁政，但是用這樣重的勞役對(duì)待羸弱的囚犯，和死有什么區(qū)別？”后來朱元璋就罷免了勞役。

對(duì)于馬皇后的家庭生活，正史及較普遍的說法是馬皇后生了五個(gè)兒子，她在教育子女上非常嚴(yán)格。據(jù)說最小的兒子朱少時(shí)放蕩不羈，長大后被封為開封周王，馬皇后派江貴妃一同前往，賜給她自己穿的衣服一件、棍子一根，對(duì)她說：“如果周王有過，就披上這件衣服打他，再不聽就告訴我。”因此，朱到了開封后不敢胡作非為。在日常的生活中，馬氏生活十分節(jié)儉，在當(dāng)了皇后以后仍然保持過去的勤儉作風(fēng)，親自操持朱元璋的飲食，穿普通的衣服，吃普通的飯菜。