洪武十五年（1382）八月，馬皇后病死，時(shí)年51歲。據(jù)說她在病重的時(shí)候，因怕連累醫(yī)生，堅(jiān)持不肯用藥，并在臨終囑咐朱元璋要求賢納諫?！睹魈鎸?shí)錄》、《明史·高皇后傳》對(duì)馬皇后的評(píng)價(jià)，都是“憂勤相濟(jì)”、“備極艱難、贊成大業(yè)”。洪武三十一年（1398），朱元璋去世后與馬氏合葬在南京的孝陵。