洪武十五年（1382）八月，馬皇后病死，時年51歲。據(jù)說她在病重的時候，因怕連累醫(yī)生，堅持不肯用藥，并在臨終囑咐朱元璋要求賢納諫?！睹魈鎸嶄洝?、《明史·高皇后傳》對馬皇后的評價，都是“憂勤相濟”、“備極艱難、贊成大業(yè)”。洪武三十一年（1398），朱元璋去世后與馬氏合葬在南京的孝陵。