其難之一，是三星堆祭祀坑內(nèi)各種奇詭怪異的神像和形象從未見于著錄，沒有現(xiàn)成的巴蜀文獻(xiàn)記載可資對照，至今學(xué)者還不得不主要借助于有關(guān)中原文化典籍的知識來認(rèn)識和探索三星堆遺物及其風(fēng)貌和內(nèi)涵。其難之二，研究和探索三星堆文化的族屬和文化淵源，若隱若顯，困難重重。由于歷史上巴蜀地區(qū)文化生態(tài)系統(tǒng)的多樣性和復(fù)雜性，民族源流的多樣性和復(fù)雜性，特別是長時期的民族交往、民族遷徙與文化振蕩，使人們至今對巴蜀內(nèi)部的民族關(guān)系還難于從紛繁中理出頭緒。

其難之三，三星堆文化以遺跡和實物向人們展示了一個前所未有的古蜀城邦體系和森嚴(yán)的古蜀王國體系，但僅憑關(guān)于從蠶叢、柏灌、魚鳧到杜宇、開明的蜀王世系的知識，無法為它找到文化學(xué)上的坐標(biāo)定位。

其難之四，寶墩文化、三星堆文化和成都十二橋文化的考占發(fā)掘，雖然使學(xué)者找到了三星堆文化，特別是其青銅文明的上源，看到了它的流向，但其間長達(dá)兩千年的時空隧道里的某些缺環(huán)還是難于填補的。

三星堆文化是從蠶叢、柏灌、魚鳧到杜宇、開明等歷代蜀王世系所代表的不同經(jīng)濟時代的都邑文化最早匯集的結(jié)穴處，提供了典型的古蜀城邦國家文化特征的識別體系，填補了巴蜀城市文明早期起源和發(fā)展史的空白。

三星堆文化展現(xiàn)了古蜀人恢詭浪漫、舂容大雅的藝術(shù)世界和鏗訇辯肆、不師故轍的文化心理，很值得考古學(xué)家們探索。

三星堆文明為古代東方文明增添了新的篇章，為學(xué)術(shù)界留下了不同文明之間開放交流、互補互融的歷史經(jīng)驗。