除了排座問題還有就是國旗的排位問題，他發(fā)現(xiàn)中國國旗并沒有排在首位而是美國，毫不猶豫地再次抗議，并舉出大量我國遭受損失和我們所作出努力的數(shù)據(jù)證明我們排在第一位的合理性，最后美國選擇了妥協(xié)，這個歷史瞬間我們應該銘記，因為這是1840年后中國國旗第一次在各列強國中排在首位，捍衛(wèi)了祖國的尊嚴。

1946年5月3日正式開庭，此次審判一直持續(xù)了兩年半的時間，梅汝璈做了大量的工作并把“南京大屠殺”單獨拿出來作為一個審判單元。他認為日本對中國的侵略應該是從1874年侵略臺灣開始算起，這近百年的時間里中國所受的迫害和損失最大，所以關(guān)于中國部分的判決書應該獨立出來由我們自己起草，他和助手楊壽林一共寫下了近10萬字的判決書，工作量之大難以想象。

審判中，有關(guān)戰(zhàn)犯是否被判死刑上各國法官出現(xiàn)分歧，因為這是國際事務，各國的法律標準都不一樣，也都各執(zhí)己見，有同意的也有反對的，印度的法官甚至想要釋放戰(zhàn)犯。最后投票表決前，梅汝璈站起來說：土肥原賢二等甲級戰(zhàn)犯每個人的手上沾滿了中國人的鮮血，如果不能嚴懲他們，自己將沒有臉面見自己的國人，顏面問題是小，但幾千萬同胞的生命是大。

投票后以6:5的的微弱優(yōu)勢勝出，最后決議對7個甲級戰(zhàn)犯處以絞刑。之后日本提出申請要重新審判但被盟軍總部駁回，于是又向美國的最高法院進行申訴，美國竟然受理了上訴，梅汝璈為代表的法官團認為美國沒有權(quán)利受理此案，因為這是國際軍事法庭做出的判決而不能是一個國家進行審理的，在他們的壓力下美國最終也駁回了申請。