路德教諸侯不顧“宗教權益保留”繼續(xù)掠奪教產，天主教諸侯利用教隨國定原則繼續(xù)反對宗教改革。奧格斯堡宗教和約使諸侯在已有的大權外又獲得決定臣民宗教信仰的權力，勢力大大加強。和約簽訂不久，查理五世宣布退位，帝國瓦解，腓迪南統治奧地利、捷克和部分匈牙利，襲帝位；其子統治西班牙、尼德蘭和海外領地。從此出現兩支哈布斯堡王室。

《奧格斯堡宗教和約》的基本原則，其實早在1526年的施佩耶爾帝國議會和1532年的紐倫堡帝國議會上多少已有，但天主教方面總是不愿遵守。經過幾十年的較量，天主教諸侯終于懂得不承認路德派終究不是解決問題的辦法，只好回到原來的起點上。有人說和約確定了信仰自由?？墒?，信仰自由是屬于諸侯的，與一般群眾無緣，他們只能根據諸侯的信仰來確定自己的信仰。

《奧格斯堡宗教和約》在西歐也有一定影響。根據當時的概念，所謂神圣羅馬帝國泛指整個西歐。此后，教皇不能僅僅因為某人信奉路德教就予以驅逐出教。英國女王伊麗莎白一世深深懂得這一點，刪去她的信條中可能與路德派矛盾的地方，對付羅馬的刁難。1570年，教皇把女王驅逐出教，理由僅僅是她采用了卡爾文教邪惡的圣餐禮，沒有提到其他。