蘇方認(rèn)為包括齒舞、色丹在內(nèi)的千島群島和南庫頁島是根據(jù)雅爾塔協(xié)定取得并在波茨坦公告中也被確認(rèn)，日本又在舊金山條約中已放棄，所以日蘇間領(lǐng)土問題已解決完畢。但在會(huì)談中前蘇聯(lián)表示在一定條件下齒舞、色丹兩島可以還給日本。日方則認(rèn)為，舊金山條約中雖然規(guī)定日本放棄南庫頁島和千島群島，但這并不等于立即承認(rèn)它為前蘇聯(lián)領(lǐng)土。

日本要求歸還齒舞、色丹，同時(shí)主張擇捉、國后是日本固有領(lǐng)土，不包含在舊金山條約中規(guī)定的放棄之范圍，要求歸還。還主張把南庫頁島和北千島歸屬問題應(yīng)將由有關(guān)國家召開國際會(huì)議來決定。對(duì)此前蘇聯(lián)采取強(qiáng)硬態(tài)度，談判陷入困境。加之馬立克奉命將以聯(lián)合國總部蘇方隨員身份赴紐約，松本也“奉本國政府訓(xùn)令回國”。所以，第一階段談判于9月13日第15次會(huì)議后就結(jié)束。

1956年1月至3月為談判的第二階段。1955年11月日本自由黨和民主黨合并成立自由民主黨，并成為執(zhí)政黨。自民黨內(nèi)鳩山首相對(duì)日蘇談判持積極態(tài)度，重光外相持慎重態(tài)度，黨內(nèi)原自由黨派系中的很多人采取消極和反對(duì)態(tài)度。從1956年1月17日起第二階段談判開始以來，對(duì)和平條約草案進(jìn)行逐條審議。

但領(lǐng)土問題上雙方意見仍對(duì)立，未能取得進(jìn)展。3月20日第23次會(huì)談后，進(jìn)入無限期休會(huì)階段。翌日，前蘇聯(lián)發(fā)表了為保護(hù)漁業(yè)資源限制北洋的鮭魚、鱒魚捕獲量的決定。這實(shí)際上是蘇方為再度舉行日蘇談判而對(duì)日方施加的壓力。

4月29日，日本派河野一郎農(nóng)相去莫斯科與前蘇聯(lián)漁業(yè)部長伊仕科夫進(jìn)行漁業(yè)談判。5月15日簽訂了日蘇漁業(yè)條約、海難救助協(xié)定以及1956年度出海捕魚臨時(shí)措施協(xié)定。聯(lián)合公報(bào)中提到漁業(yè)條約和海難救助協(xié)定是自日蘇間恢復(fù)外交關(guān)系之日起同時(shí)生效。河野和伊仕科夫同意為了迅速實(shí)施“條約”和“協(xié)定”，在7月31日以前恢復(fù)日蘇關(guān)系正常化的談判。