1796年華盛頓不再連任，杰斐遜決定參加總統(tǒng)的競(jìng)選。由于重視不夠，他以3票之差敗給了聯(lián)邦黨的約翰·亞當(dāng)斯。1804年以前，憲法還沒有規(guī)定分別投票選舉總統(tǒng)和副總統(tǒng)，而是規(guī)定按得票的多少來決定總統(tǒng)和副總統(tǒng)，于是，杰斐遜當(dāng)上了副總統(tǒng)。

在亞當(dāng)斯政府中，杰斐遜扮演的是毫無(wú)實(shí)權(quán)、無(wú)所作為的角色，而且經(jīng)常與亞當(dāng)斯意見相左，尤其是這一時(shí)期通過的《關(guān)于處置外僑和煽動(dòng)叛亂的法令》，嚴(yán)重地限制了言論自由，是對(duì)個(gè)人權(quán)利的侵犯。杰斐遜一方面組織民主—共和黨人對(duì)法令進(jìn)行抨擊，另一方面下決心在4年以后反對(duì)亞當(dāng)斯的連任。1800年，由于準(zhǔn)備充分，杰斐遜如愿以償?shù)禺?dāng)上了總統(tǒng)，4年以后又獲得了連任。

當(dāng)選總統(tǒng)使杰斐遜得以實(shí)踐自己的民主理想。事實(shí)上，美國(guó)的民主制度在他任期內(nèi)也確實(shí)得到了進(jìn)一步的發(fā)展。杰斐遜入主白宮后，給白宮帶來了諸多民主氣息。他廢除了白宮的許多繁文縟節(jié)，終止了華盛頓、亞當(dāng)斯時(shí)期形成的每周一次的總統(tǒng)正式招待會(huì)，會(huì)見外賓時(shí)衣著樸素隨便。

他下令每天早晨開放總統(tǒng)官邸，他認(rèn)為，總統(tǒng)府的建造主要依靠人民，應(yīng)當(dāng)允許民眾前來參觀。從1801年起，每天上午開放白宮的做法一直延續(xù)至今。此外，他主張擴(kuò)大白人男子的選舉權(quán)。馬里蘭和南卡羅來納州在他的影響下修改了州憲法，廢止了選民的財(cái)產(chǎn)限制。他努力改善普通平民的處境，提倡政府應(yīng)以節(jié)約代替稅收，廢除了實(shí)行近10年的國(guó)產(chǎn)貨物稅。