迅即于5月19日，被伊麗莎白的軍官囚禁在卡萊爾城堡，在囚禁期間，她說了那句名言：“In my end is my beginning”（我死即我生）。并將這句話鑲嵌在她衣服的花邊上。

在關于瑪麗是否應該為謀殺達恩利負責的爭論結束后，伊麗莎白決定對瑪麗采取質詢而不是審判來解決問題。1568年10月至1569年1月間，對瑪麗的質詢在約克實行。這場質詢具有極強的政治色彩。

伊麗莎白由于君權神授的觀念而不希望瑪麗被判謀殺罪。而瑪麗，因為她曾經(jīng)受過教會的涂油禮，拒絕承認任何世俗審判的權威性。第一代莫里伯爵詹姆士·斯圖爾特，最終負責對瑪麗進行起訴，他同時也掌管瑪麗缺位時的蘇格蘭，其主要任務是不讓瑪麗返回蘇格蘭并控制那些支持瑪麗的蘇格蘭人民。

審判的重心逐漸轉移到“首飾盒信件”一事上，詹姆斯·道格拉斯，莫頓伯爵四世在愛丁堡一個雕有F字樣的（據(jù)推斷是法蘭西斯二世）銀盒里，發(fā)現(xiàn)了據(jù)稱是瑪麗寫給博斯維爾的八封信和許多其他文件，包括瑪麗和博斯維爾的結婚證明。

法庭上瑪麗并沒有看到這些證物，也不能為自己辯護。她拒絕提交一份書面的抗辯詞除非伊麗莎白宣判她無罪，顯然，伊麗莎白不可能那么做 。

盡管質詢方通過驗證筆跡認定首飾盒信件為真跡。其中的內容也擺在那里，如果其中的內容是可信的話，這些都會成為瑪麗有罪的證據(jù)。但質詢方最后得出結論是沒有足夠的證據(jù)證明瑪麗是有罪的。其實結果并不出人意料，唯一的結論就是這些都只不過為了取悅伊麗莎白。

后世諸多歷史學家質疑“首飾盒信件”的真實性。但原件已于1584年失傳了，眾多的抄件散失在很多收藏家中但并沒有形成完整的一套。