迅即于5月19日，被伊麗莎白的軍官囚禁在卡萊爾城堡，在囚禁期間，她說(shuō)了那句名言：“In my end is my beginning”（我死即我生）。并將這句話鑲嵌在她衣服的花邊上。

在關(guān)于瑪麗是否應(yīng)該為謀殺達(dá)恩利負(fù)責(zé)的爭(zhēng)論結(jié)束后，伊麗莎白決定對(duì)瑪麗采取質(zhì)詢而不是審判來(lái)解決問(wèn)題。1568年10月至1569年1月間，對(duì)瑪麗的質(zhì)詢?cè)诩s克實(shí)行。這場(chǎng)質(zhì)詢具有極強(qiáng)的政治色彩。

伊麗莎白由于君權(quán)神授的觀念而不希望瑪麗被判謀殺罪。而瑪麗，因?yàn)樗?jīng)受過(guò)教會(huì)的涂油禮，拒絕承認(rèn)任何世俗審判的權(quán)威性。第一代莫里伯爵詹姆士·斯圖爾特，最終負(fù)責(zé)對(duì)瑪麗進(jìn)行起訴，他同時(shí)也掌管瑪麗缺位時(shí)的蘇格蘭，其主要任務(wù)是不讓瑪麗返回蘇格蘭并控制那些支持瑪麗的蘇格蘭人民。

審判的重心逐漸轉(zhuǎn)移到“首飾盒信件”一事上，詹姆斯·道格拉斯，莫頓伯爵四世在愛(ài)丁堡一個(gè)雕有F字樣的（據(jù)推斷是法蘭西斯二世）銀盒里，發(fā)現(xiàn)了據(jù)稱是瑪麗寫(xiě)給博斯維爾的八封信和許多其他文件，包括瑪麗和博斯維爾的結(jié)婚證明。

法庭上瑪麗并沒(méi)有看到這些證物，也不能為自己辯護(hù)。她拒絕提交一份書(shū)面的抗辯詞除非伊麗莎白宣判她無(wú)罪，顯然，伊麗莎白不可能那么做 。

盡管質(zhì)詢方通過(guò)驗(yàn)證筆跡認(rèn)定首飾盒信件為真跡。其中的內(nèi)容也擺在那里，如果其中的內(nèi)容是可信的話，這些都會(huì)成為瑪麗有罪的證據(jù)。但質(zhì)詢方最后得出結(jié)論是沒(méi)有足夠的證據(jù)證明瑪麗是有罪的。其實(shí)結(jié)果并不出人意料，唯一的結(jié)論就是這些都只不過(guò)為了取悅伊麗莎白。

后世諸多歷史學(xué)家質(zhì)疑“首飾盒信件”的真實(shí)性。但原件已于1584年失傳了，眾多的抄件散失在很多收藏家中但并沒(méi)有形成完整的一套。