1587年10月20日，新教軍隊(duì)在庫特拉擊敗天主教同盟軍。吉斯兄弟不久也重創(chuàng)胡格諾派軍隊(duì)。

1588年5月，天主教同盟控制下的巴黎迎接吉斯公爵入城，包圍王室住地盧浮宮，國王亨利逃出巴黎，并在魯昂簽署聯(lián)盟敕令，滿足了天主教派的一切要求。

同年12月，國王的近衛(wèi)軍暗殺了第三代吉斯公爵亨利一世·德·洛林和他的兄弟第二代吉斯樞機(jī)主教路易二世·德·吉斯。

巴黎聞?dòng)嵑蟀l(fā)生暴亂，并成立以第四代吉斯公爵為首的新政權(quán)。受到新舊教派夾攻的亨利三世同納瓦拉國王結(jié)盟。

1589年8月1日，亨利三世被刺身亡，暗殺者是個(gè)狂熱的教士，納瓦拉國王亨利成為法王亨利四世。但天主教派拒不承認(rèn)，內(nèi)戰(zhàn)戰(zhàn)火繼續(xù)燃燒。

亨利四世連續(xù)在軍事上取得勝利，但無法攻入巴黎。鑒于法國90%以上的人口都信仰天主教，亨利四世于1593年7月25日在圣德尼大教堂改信天主教。巴黎的大門由此而為他打開。6天之后，新舊教兩派勢力達(dá)成為期3個(gè)月的休戰(zhàn)協(xié)議。

1594年3月22日，亨利四世凱旋進(jìn)入巴黎，受到隆重歡迎。此后的四年中，各地紛紛歸附，亨利四世還趕走了混戰(zhàn)之中攻入法國的西班牙軍隊(duì)。

1598年，亨利四世頒布南特赦令，最終結(jié)束了這場持續(xù)了三十多年的戰(zhàn)爭。