到了1912年民國政府接手時，連圍墻都已坍塌了一段。

1912年，民國北洋政府正式啟用京師模范監(jiān)獄，更名為“北京監(jiān)獄”，開始接收服刑犯人。

這里不得不說一說首任典獄長王元增，他曾留日學(xué)習(xí)監(jiān)獄學(xué)，還自費與法部去西洋考察。他結(jié)合中國具體國情，主持制定了一系列規(guī)章制度，包括機構(gòu)設(shè)置、監(jiān)獄看守服務(wù)規(guī)則、勞役制度、賞與金制度、減刑假釋制度、教育教誨制度等內(nèi)容，涉及監(jiān)獄管理的方方面面。稱其為中國新式監(jiān)獄制度的奠基人也不為過。

比如，在管理人員的選拔上，就遵循三個原則：“相貌端正，有文化，有家私，不靠做監(jiān)獄管理人員養(yǎng)家糊口”，以此來杜絕幾千年來官吏“管犯人，吃犯人”的黑暗現(xiàn)象。

新式監(jiān)獄與封建時代的牢獄最為不同的是有了系統(tǒng)化的感化教育與勞役相結(jié)合的制度。開辦了包括初小教育、高小教育、初中教育、閱讀教育四級，實現(xiàn)了監(jiān)獄教育與國民教育的接軌。

監(jiān)獄為罪犯們建立起手工業(yè)的工場，并將此納入了教誨的體系。據(jù)史料記載，北京監(jiān)獄在監(jiān)區(qū)內(nèi)有大小工場16處，以印刷業(yè)為主，另外，還有縫紉、木工、種植等項。

此外，王元增還第一次提出了效法歐美等國，設(shè)置女監(jiān)，使用女性看守管理女犯。

前文中提到，監(jiān)獄選址在地勢低洼之處，積水問題困擾難解。王元增上任后，構(gòu)筑地下排水系統(tǒng)，把淤塞的溝渠打通，筑小閘，阻止河水倒灌。直到20世紀末監(jiān)獄拆遷時，打開地下排水系統(tǒng)，陰溝內(nèi)竟然還干凈通暢，未見淤塞。

從建筑到管理都師夷長技的北京監(jiān)獄,成為全國監(jiān)獄管理人員取得執(zhí)業(yè)資格的法定實習(xí)場所。從這里實習(xí)而分赴全國各地新式監(jiān)獄工作的監(jiān)獄官多達300余人。