于是，他又一次被朝廷啟用，耿精忠投降后，他被朝廷任命為福建布政使，從此開始治理福建前線，謀劃收復(fù)臺(tái)灣的事宜。

當(dāng)時(shí)臺(tái)灣的鄭氏政權(quán)多次騷擾大陸，迫使濱海居民遷徙到內(nèi)地，很多百姓家人離散。姚啟圣就出資贖回難民數(shù)萬人，并再次向朝廷請(qǐng)求開放海禁，使老百姓的生活恢復(fù)正常，讓投降的士兵屯墾自給。

姚啟圣在福建前線，一邊整軍經(jīng)武，一邊花重金離間臺(tái)灣鄭氏政權(quán)，一舉扭轉(zhuǎn)了臺(tái)海之勢(shì)，姚啟圣也因功被任命為福建總督和兵部尚書，全面主持臺(tái)海工作。

為收復(fù)臺(tái)灣，他向朝廷舉薦了施瑯和李光地等名將良臣，來做武力收復(fù)臺(tái)灣的準(zhǔn)備，同時(shí)他又親自主持與鄭氏政權(quán)的談判工作，想用和平手段解決臺(tái)海問題。

可是，當(dāng)他主持的談判效果顯著，鄭氏政權(quán)已經(jīng)答應(yīng)投降的時(shí)候，武力解決臺(tái)灣問題的準(zhǔn)備已經(jīng)充分做好，于是康熙大帝就對(duì)和平解決臺(tái)灣臺(tái)灣問題再也不感冒啦，就命令水師提督施良開始進(jìn)軍征討。

因?yàn)榻?jīng)過了充分準(zhǔn)備，又有姚啟圣全面操作后勤供應(yīng)，臺(tái)灣很快就攻下了，姚啟盛發(fā)運(yùn)疇多年的臺(tái)海大計(jì)終于取得了成功。

從他第二次投軍以來，就為平叛和收復(fù)臺(tái)灣而理想，盡管最后率兵收復(fù)臺(tái)海的是施瑯，但這和姚啟圣長(zhǎng)期的運(yùn)疇帷幄、苦心經(jīng)營(yíng)分不開的。

也只有在姚啟圣將統(tǒng)一的一切必要條件準(zhǔn)備成熟時(shí)，收復(fù)臺(tái)灣才會(huì)一舉成功，而朝廷卻把收臺(tái)第一功歸于他人，而對(duì)于姚啟圣所起的作用一字不題，難怪他在回師福州后，就郁郁而終啦。