于是，他又一次被朝廷啟用，耿精忠投降后，他被朝廷任命為福建布政使，從此開始治理福建前線，謀劃收復臺灣的事宜。

當時臺灣的鄭氏政權(quán)多次騷擾大陸，迫使濱海居民遷徙到內(nèi)地，很多百姓家人離散。姚啟圣就出資贖回難民數(shù)萬人，并再次向朝廷請求開放海禁，使老百姓的生活恢復正常，讓投降的士兵屯墾自給。

姚啟圣在福建前線，一邊整軍經(jīng)武，一邊花重金離間臺灣鄭氏政權(quán)，一舉扭轉(zhuǎn)了臺海之勢，姚啟圣也因功被任命為福建總督和兵部尚書，全面主持臺海工作。

為收復臺灣，他向朝廷舉薦了施瑯和李光地等名將良臣，來做武力收復臺灣的準備，同時他又親自主持與鄭氏政權(quán)的談判工作，想用和平手段解決臺海問題。

可是，當他主持的談判效果顯著，鄭氏政權(quán)已經(jīng)答應投降的時候，武力解決臺灣問題的準備已經(jīng)充分做好，于是康熙大帝就對和平解決臺灣臺灣問題再也不感冒啦，就命令水師提督施良開始進軍征討。

因為經(jīng)過了充分準備，又有姚啟圣全面操作后勤供應，臺灣很快就攻下了，姚啟盛發(fā)運疇多年的臺海大計終于取得了成功。

從他第二次投軍以來，就為平叛和收復臺灣而理想，盡管最后率兵收復臺海的是施瑯，但這和姚啟圣長期的運疇帷幄、苦心經(jīng)營分不開的。

也只有在姚啟圣將統(tǒng)一的一切必要條件準備成熟時，收復臺灣才會一舉成功，而朝廷卻把收臺第一功歸于他人，而對于姚啟圣所起的作用一字不題，難怪他在回師福州后，就郁郁而終啦。