代國建國三十四年（371年）七月初七生于參合陂北。代國建國三十九年（前秦建元十二年、376年），前秦滅代國，六歲的拓跋珪將要被強遷至秦都長安，但代國舊臣燕鳳以拓跋珪年幼，力勸前秦天王苻堅讓拓跋珪留在部中，稱待拓跋珪長大后為首領，會念及苻堅施恩給代國。

苻堅同意，拓跋珪得以留下。當時，原代國領地由劉庫仁及劉衛(wèi)辰分掌，拓跋珪母賀氏帶拓跋珪、拓跋儀及拓跋觚從賀蘭部遷至獨孤部，與南部大人長孫嵩等人同屬劉庫仁統(tǒng)領。

劉庫仁本也為南部大人，拓跋珪等人到后仍盡忠侍奉他們，并沒有因代國滅亡、自己改受前秦官位而變節(jié)，又招撫接納離散的部人，甚有恩信。

二、復國肇基

前秦建元十九年（383年），苻堅于淝水之戰(zhàn)中戰(zhàn)敗，其后國中大亂，原先被前秦統(tǒng)一的各部族政權紛紛復國，北方重陷分裂。這時獨孤部劉庫仁助秦軍對抗新立的后燕，但遭慕容文夜襲殺害，其弟劉頭眷代領其眾。

前秦建元二十一年（385年）劉庫仁之子劉顯殺頭眷自立，又想要殺拓跋珪。劉顯弟劉亢埿的妻子是拓跋珪的姑姑，將劉顯的意圖告訴賀氏。劉顯謀主梁六眷是拓跋什翼犍的甥子，也派部人穆崇、奚牧將此事密報拓跋珪。

賀氏于是約劉顯飲酒，將其灌醉，讓拓跋珪與舊臣長孫犍、拓跋他等人乘夜逃至母族賀蘭部。不久，劉顯部中內(nèi)亂，賀氏得以到賀蘭部與拓跋珪等會合。

其時賀氏弟賀染干忌憚拓跋珪得人心，曾試圖殺害他，但都因尉古真告密及賀氏出面而失敗。而拓跋珪的堂曾祖父拓跋紇羅及拓跋建就勸賀蘭部首領賀訥推拓跋珪為主。