代國(guó)建國(guó)三十四年（371年）七月初七生于參合陂北。代國(guó)建國(guó)三十九年（前秦建元十二年、376年），前秦滅代國(guó)，六歲的拓跋珪將要被強(qiáng)遷至秦都長(zhǎng)安，但代國(guó)舊臣燕鳳以拓跋珪年幼，力勸前秦天王苻堅(jiān)讓拓跋珪留在部中，稱待拓跋珪長(zhǎng)大后為首領(lǐng)，會(huì)念及苻堅(jiān)施恩給代國(guó)。

苻堅(jiān)同意，拓跋珪得以留下。當(dāng)時(shí)，原代國(guó)領(lǐng)地由劉庫(kù)仁及劉衛(wèi)辰分掌，拓跋珪母賀氏帶拓跋珪、拓跋儀及拓跋觚從賀蘭部遷至獨(dú)孤部，與南部大人長(zhǎng)孫嵩等人同屬劉庫(kù)仁統(tǒng)領(lǐng)。

劉庫(kù)仁本也為南部大人，拓跋珪等人到后仍盡忠侍奉他們，并沒(méi)有因代國(guó)滅亡、自己改受前秦官位而變節(jié)，又招撫接納離散的部人，甚有恩信。

二、復(fù)國(guó)肇基

前秦建元十九年（383年），苻堅(jiān)于淝水之戰(zhàn)中戰(zhàn)敗，其后國(guó)中大亂，原先被前秦統(tǒng)一的各部族政權(quán)紛紛復(fù)國(guó)，北方重陷分裂。這時(shí)獨(dú)孤部劉庫(kù)仁助秦軍對(duì)抗新立的后燕，但遭慕容文夜襲殺害，其弟劉頭眷代領(lǐng)其眾。

前秦建元二十一年（385年）劉庫(kù)仁之子劉顯殺頭眷自立，又想要?dú)⑼匕汐?。劉顯弟劉亢埿的妻子是拓跋珪的姑姑，將劉顯的意圖告訴賀氏。劉顯謀主梁六眷是拓跋什翼犍的甥子，也派部人穆崇、奚牧將此事密報(bào)拓跋珪。

賀氏于是約劉顯飲酒，將其灌醉，讓拓跋珪與舊臣長(zhǎng)孫犍、拓跋他等人乘夜逃至母族賀蘭部。不久，劉顯部中內(nèi)亂，賀氏得以到賀蘭部與拓跋珪等會(huì)合。

其時(shí)賀氏弟賀染干忌憚拓跋珪得人心，曾試圖殺害他，但都因尉古真告密及賀氏出面而失敗。而拓跋珪的堂曾祖父拓跋紇羅及拓跋建就勸賀蘭部首領(lǐng)賀訥推拓跋珪為主。