宣統(tǒng)三年（1911年）二月初，回到香港參加統(tǒng)籌部工作，負責秘書科工作。四月二十七日，黃興在廣州發(fā)動起義。次日晨，胡和趙聲等人由香港趕到廣州，起義已失敗，胡立即返回香港，后往南洋、西貢等地活動。

此間，胡情緒十分低落，并開始極力贊成從前曾堅決反對過的暗殺之舉，認為：“此不止為復仇計，亦為寒敵之膽而張吾軍?！?/p>

武昌起義的消息傳到西貢后，胡漢民的低落情緒為之一振，立即率領一批要求從軍的青年華僑急赴香港。十一月九日廣東宣布獨立，胡被推為都督。

1912年一月一日，中華民國南京臨時政府成立后，任總統(tǒng)府秘書長。在就任秘書長期間，胡一絲不茍，兢兢業(yè)業(yè)地工作，辦事作風果斷明快，對腐敗分子“不稍寬假”。但在“讓位”袁世凱問題上，胡力主“讓位”，且“力挽先生之意于內”，對孫中山的決策產生了消極的影響。

孫中山辭去臨時大總統(tǒng)后，胡回廣州復任廣東都督。八月，同盟會改組為國民黨后，胡任廣東支部長。1913年三月的“宋教仁案”，是袁世凱向國民黨人進攻的信號。

孫中山倡議起兵討袁，胡表示反對，主張法律解決。孫中山電促廣東獨立，胡“以時機未至拒之”。六月十四日，袁世凱免去胡廣東都督兼民政總長職，調為西藏宣撫使。

不久，胡通電辭職。胡政治上受挫后，意志很消沉，聲稱從今以后將“與葉夏聲組織報館，決不再入政界，以受此無價值之毀譽也”。

“二次革命”失敗后，胡漢民追隨孫中山從上海乘船流亡日本。