宣統(tǒng)三年（1911年）二月初，回到香港參加統(tǒng)籌部工作，負(fù)責(zé)秘書(shū)科工作。四月二十七日，黃興在廣州發(fā)動(dòng)起義。次日晨，胡和趙聲等人由香港趕到廣州，起義已失敗，胡立即返回香港，后往南洋、西貢等地活動(dòng)。

此間，胡情緒十分低落，并開(kāi)始極力贊成從前曾堅(jiān)決反對(duì)過(guò)的暗殺之舉，認(rèn)為：“此不止為復(fù)仇計(jì)，亦為寒?dāng)持懚鴱埼彳?。?/p>

武昌起義的消息傳到西貢后，胡漢民的低落情緒為之一振，立即率領(lǐng)一批要求從軍的青年華僑急赴香港。十一月九日廣東宣布獨(dú)立，胡被推為都督。

1912年一月一日，中華民國(guó)南京臨時(shí)政府成立后，任總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)。在就任秘書(shū)長(zhǎng)期間，胡一絲不茍，兢兢業(yè)業(yè)地工作，辦事作風(fēng)果斷明快，對(duì)腐敗分子“不稍寬假”。但在“讓位”袁世凱問(wèn)題上，胡力主“讓位”，且“力挽先生之意于內(nèi)”，對(duì)孫中山的決策產(chǎn)生了消極的影響。

孫中山辭去臨時(shí)大總統(tǒng)后，胡回廣州復(fù)任廣東都督。八月，同盟會(huì)改組為國(guó)民黨后，胡任廣東支部長(zhǎng)。1913年三月的“宋教仁案”，是袁世凱向國(guó)民黨人進(jìn)攻的信號(hào)。

孫中山倡議起兵討袁，胡表示反對(duì)，主張法律解決。孫中山電促?gòu)V東獨(dú)立，胡“以時(shí)機(jī)未至拒之”。六月十四日，袁世凱免去胡廣東都督兼民政總長(zhǎng)職，調(diào)為西藏宣撫使。

不久，胡通電辭職。胡政治上受挫后，意志很消沉，聲稱(chēng)從今以后將“與葉夏聲組織報(bào)館，決不再入政界，以受此無(wú)價(jià)值之毀譽(yù)也”。

“二次革命”失敗后，胡漢民追隨孫中山從上海乘船流亡日本。