對于王恭廠特大爆炸事件，300多年來歷史學家和科學家一直在研究和探討，但一直沒有定論。比較多的人認為，是當時位于爆炸中心的一座手工軍火工場——王恭廠內火藥爆炸所致，所以此次災難又稱“王恭廠奇災”。但據(jù)爆炸專家估算，根據(jù)史料中記載的情況，奇災相當于3萬噸黑色火藥爆炸的能量，然而王恭廠內貯存的火藥最多不超過幾百噸，根本形成不了如此大的沖擊力。

有人根據(jù)當時出現(xiàn)了“颶風一道，內有火光”，“西安門一帶皆霏落鐵渣，如麩如米者，移時方止”，以及呈方向性的沖擊波、隕擊坑等記載，認為此次災難可能系隕星墜落造成的。但是爆炸后，在現(xiàn)場并沒有發(fā)現(xiàn)任何隕石。地震學專家則認為，此次災難是地震所致。還有人則提出是隱火山熱核強爆，更有甚者認為是外星人入侵、UFO降臨等。

但任何一種觀點，都沒有足夠的說服力。有專家則對十幾種被認為有可能的爆炸原因進行分析，并結合災變過程、破壞范圍等史料記載，認為此次事件是自然災害為主導，火藥爆炸推波助瀾。但究竟是什么天災？是一種天災還是幾種天災共同作用的結果？仍沒有足夠的論據(jù)來加以論證。