理藩院是清朝開國之初所設(shè)立的由中央管理機構(gòu)，其最初主要是管理蒙、回、藏等少數(shù)民族事務(wù)。

初為“蒙古衙門”，設(shè)承政、參政等官。清太宗崇德三年（1638年）改“蒙古衙門”為“理藩院”，隸屬禮部。

理藩院的設(shè)置最初是為了處理蒙古事務(wù)，隨著清朝政府對西北、西南各地區(qū)統(tǒng)治力量的進一步加強，理藩院管理的范圍也逐步擴大到蒙古以外的少數(shù)民族地區(qū)。其具體管轄范圍為內(nèi)外蒙古、青海、新疆之額魯特部、回部與西藏喇嘛所屬各處。

理藩院的內(nèi)部組織有旗籍、王會、典屬、柔遠、徠遠、理刑6個清吏司及管理行政事務(wù)的滿檔房、蒙古房、司務(wù)廳、當(dāng)月處、督催所、銀庫、飯銀處等單位，分別掌管部界、封爵、設(shè)官、戶口、耕牧、賦稅、兵刑、交通、會盟、朝貢、貿(mào)易、宗教等項。所屬有內(nèi)館、外館、俄羅斯館及蒙古官學(xué)、唐古特學(xué)、托忒學(xué)等單位。

此外，理藩院還掌管一部分屬國及其他外國交往事務(wù)，如掌管與俄國交涉事務(wù)。第二次鴉片戰(zhàn)爭后，另成立了總理衙門，這部分事務(wù)開始改歸總理衙門管理。

清光緒三十八年（1906年）理藩院改為理藩部。