在海疆方面第一次在澎湖列島設(shè)立行政機(jī)構(gòu)巡檢司，屬晉江縣（一說屬同安縣）管轄。

明朝直接統(tǒng)治了原來的南宋、大理和西夏、金的大部分地區(qū)，對黑龍江、松花江流域和吐蕃地區(qū)則采用羈縻統(tǒng)治的方式，漠北仍為蒙古后裔靼韃、瓦剌所有。今新疆地區(qū)為察合臺后裔亦力把里的領(lǐng)土，而介于亦力把里和甘肅之間的嘉峪關(guān)以外哈密等衛(wèi)，則也在明朝的羈縻統(tǒng)治之下，其版圖遠(yuǎn)較元朝為小。

明代疆域圖

清代疆域的形成是秦漢以來中華各兄弟民族長期交往、融洽的結(jié)果。清代的統(tǒng)一不僅是依靠軍事力量的強(qiáng)大，主要是各地區(qū)經(jīng)濟(jì)發(fā)展中相互依賴，需要建立一個統(tǒng)一的帝國，這是歷史發(fā)展的必然。

清代的疆域是由三大部分組成：以狩獵為主的女真區(qū)、以畜牧業(yè)為主的蒙古區(qū)和以農(nóng)業(yè)為主的漢民族區(qū)。從1644年清軍入關(guān)至1683年，統(tǒng)治了臺灣島22年奉明正朔的鄭氏政權(quán)也被攻破投降，設(shè)1府3縣于島上，隸屬于福建省。于是統(tǒng)一了明朝全部疆土。

清代疆域圖

清朝合并蒙古諸部及其統(tǒng)治下的回部、西藏、青海等地，歷時達(dá)130余年之久。18世紀(jì)中葉至19世紀(jì)中葉，即乾隆中葉至道光初期是清朝疆域極盛時期。