不同專業(yè)如工程學(xué)、電學(xué)、礦務(wù)學(xué)、機(jī)器學(xué)、律例學(xué)等都有自己的專業(yè)課程。由于當(dāng)時的大學(xué)與傳統(tǒng)教育不接軌，因此大學(xué)還設(shè)有預(yù)科，作為正式入學(xué)的過渡。

1903年，北洋大學(xué)堂改名為北洋大學(xué)，主要培養(yǎng)工程技術(shù)人才。早期首設(shè)土木工程、采礦、冶金等門課，學(xué)制4年，為中國近代工程學(xué)科的鼻祖，是我國近代最早的一所工科大學(xué)。

后幾經(jīng)變革，1929年后改名為國立北洋工學(xué)院，抗戰(zhàn)時參與組建西安臨時大學(xué)、國立西北工學(xué)院，直至1942年恢復(fù)國立北洋工學(xué)院。

1945年抗戰(zhàn)勝利后，國立北洋大學(xué)正式在天津復(fù)校。1951年，北洋大學(xué)與河北工學(xué)院合并，定名為天津大學(xué)。

北洋大學(xué)堂成立幾年后，1898年戊戌變法，京師大學(xué)堂成立，這是中國近代第一所國立大學(xué)和綜合大學(xué)，也是當(dāng)時的最高學(xué)府，兼為大學(xué)堂和全國最高教育行政機(jī)關(guān)，孫家鼐任管學(xué)大臣。

義和團(tuán)運(yùn)動中被毀，由張百熙重辦。后與教育行政管理職能分離，獨(dú)立成校。1912年京師大學(xué)堂改名為北京大學(xué)，嚴(yán)復(fù)為首任校長。

1916年蔡元培擔(dān)任北京大學(xué)校長，“循思想自由原則、取兼容并包之義”，提倡民主、科學(xué)，反對舊思想、舊禮教；提倡白話文，反對文言文。

北京大學(xué)迅速發(fā)展成為名副其實(shí)的全國最佳大學(xué)。

另外，1920年前后產(chǎn)生了中國近代第一所現(xiàn)代意義上的國立綜合大學(xué)東南大學(xué)，它與上述的北洋大學(xué)、京師大學(xué)堂一起成為早期中國現(xiàn)代大學(xué)發(fā)展的三個里程碑。