明隆慶三年（1569年），鳳翔府連續(xù)發(fā)生了兩次地震，波及法門寺真身寶塔，木塔崩毀，這引起了不少佛徒僧尼的惋惜悲嘆。西蜀有一篤信佛教的居士，傷感得痛不欲生，誓愿為重建寶塔而殘膚苦行化募。他用百尺長的鐵鎖鏈，穿鎖在自己的肩筋骨上，為佛增光，不怕疼痛勞累，拖地行乞，到處募緣，為恢復(fù)真身寶塔募化了不少資財(cái)。

木塔崩毀10年后，明萬歷七年有扶風(fēng)佛徒，募化錢財(cái)，倡導(dǎo)修復(fù)法門寺塔，經(jīng)時(shí)30年，于明萬歷三十七年竣工，將四層木塔改建為十三層磚塔。塔身高56米，八面八棱，棱角為雕琢成的花磚砌拱。拱角懸鈴，在晚風(fēng)晨光中口叮咚作響。最上層無洞門，地面第一層塔門朝南，門高1.26米，寬1.4米，門額石刻“真身寶塔”，正東面額石刻“浮屠耀日”，正面額石刻“舍利飛霞”，正北面額石刻“美陽重鎮(zhèn)”。其他東北、西北、西南、東南各面分嵌乾、坎、艮、震、巽、離、坤、兌八卦文以記方位。法門寺塔巍峨壯觀而宏麗，在關(guān)中西部首屈一指。

明代磚塔是在木塔崩毀后修建的，重量千萬倍于木塔，塔基下有舍利地宮，因此塔基并不是很結(jié)實(shí)。所以磚塔建成后45年，即清順治十一年的地震中法門寺塔身向西南歪斜，佛經(jīng)佛像從佛龕中跌落。法門寺真身寶塔的最后一次修建是在民國年間。民國二十八年即1939年，由朱子橋?qū)④姲l(fā)起，決定重修法門寺。

這次修繕工程，除了在寺廟內(nèi)修建一些殿堂、鐘鼓樓和碑亭外，也修整了真身寶塔。一方面將塔基由八角形改為正方形，同時(shí)，每層塔棱增添了二龍戲珠、獅子麒麟、雙鳳朝陽等浮雕，并伴飾花葉云朵，雕工精致，紋樣華麗，使古老的法門寺塔重放光彩。法門寺塔在1976年8月連綿陰雨中，逢四川松潘大地震之震波所及，遭到嚴(yán)重?fù)p壞，1981年因陰雨連綿寶塔崩塌?，F(xiàn)在所見寺塔是在清理地宮后由陜西各級政府有關(guān)部門籌資修建。