過了25年，北魏孝文帝時期，改拓跋為元姓，名為元宏，史稱元魏，復信佛教，元魏二年即472年，州牧拓跋育修復了阿育王寺和舍利塔。隋開皇三年阿育王寺改名成實道場，舍利塔就此成為成實道場舍利塔。唐初又變?yōu)榉ㄩT寺，塔也名為法門寺舍利塔。是年法門寺曾遭火焚，塔基殘露。到了唐貞觀五年，歧州刺史張德亮奏請?zhí)铺诶钍烂裥迯头ㄩT寺時，在塔基上修筑望云殿以蓋塔基。

從后來唐代歷次重修塔寺并未提起復建木塔之事推測，張德亮可能是把木塔修復在塔基殘露處，名曰望云殿，是以殿代塔，殿樓四層，高達天際以望云。塔可能為方形，現(xiàn)發(fā)掘唐塔地基也為方形，比明塔地基大得多。唐高宗顯慶五年（660年）迎佛骨于東都洛陽，供養(yǎng)三年后，于龍朔二年送歸法門寺地宮，并詔令和尚惠恭、意方等重修法門寺塔。到了唐景龍四年（710年），題舍利塔為“大圣真身寶塔”，亦名“護國真身寶塔”。

五代后梁龍德二年（922年），盤踞鳳翔的原唐節(jié)度使岐王李茂貞，曾多次修葺木塔，添置塔心樘柱，以綠琉璃瓦覆蓋塔頂，使木塔更加漂亮，逢夕陽朝霞時，金碧輝煌，雄姿昂然立于岐山之陽。時人記載形容木塔“窮華極麗，盡妙罄能”。發(fā)掘資料證明，木塔定型于唐代，塔形四方，可以和西安大、小雁塔媲美。宋、金、元時期寶塔建制無大變化，統(tǒng)稱“真身寶塔”，可貴的是，在漫長的幾百年里居然沒有遭到大的破壞。