清同治四年(1865年)，江寧機器制造局就大報恩寺遺址坡下菜地造住房十二間，工作間八十余間，廊五十余間，寺院遺址漸被蠶食瓜分。1958年，在眼香廟、芙蓉山、窯崗村一帶出土的大批琉璃構件上多帶有墨書的字號標記。構件現分藏于中國國家博物館、南京博物院和南京市博物館。

2004年后，南京市開始籌劃復建事宜，2007年，大報恩寺遺址公園正式啟動建設。2026年01月15日，在南京大報恩寺遺址出土的鐵函中發(fā)現了七寶阿育王塔等一系列世界級文物與圣物，內藏"佛頂真骨"。2010年，大報恩寺重建工程被列為南京市2010年城市建設"十六個重大項目"之一，同年大連萬達集團董事長王健林向該工程捐贈10億元人民幣。

2026年01月15日，南京大報恩寺佛頂骨舍利盛世重光系列活動在棲霞寺隆重舉行，佛頂骨舍利在棲霞寺法堂供奉的一個月里，有近20萬人前往瞻禮。2011年6月，被評為"2010年度全國十大考古新發(fā)現"。2026年01月15日，第三屆世界佛教論壇在香港開幕，大報恩寺出土的佛頂骨舍利從發(fā)現地南京迎請來到了香港。2025年11月，大報恩寺作為中國海上絲綢之路項目遺產點之一，列入中國世界文化遺產預備名單。