建德六年(578年)，齊地佛門遭劫。聞率僧眾四十余循海路奔建康。輒遇大風(fēng)波，楫折船沉。忽現(xiàn)巨龜，負(fù)眾僧出水，須臾抵建康。聞口稱南無(wú)阿彌陀佛。龜對(duì)曰:師父曾記否，吾乃海曲放生池之老龜也。聞恍然大悟。奏聞宣帝，帝大悅，敕建報(bào)恩寺，香火祀之。

唐朝年間，"慧聞?wù)撸R渤海人也。幼年向佛，十二入寺，十六受戒。苦修《大智度論》、《中論》，樹"一心三觀"，啟天臺(tái)之源。所入法門，非世可知。學(xué)者仰之，以為履地戴天，莫知高厚。又以憫寺所得櫬施，買海曲溪石梁為放生池，佛法廣播于江北。"

北宋端拱元年(988年)，僧可政得唐三藏玄奘大師頂骨舍利，于長(zhǎng)干寺建塔瘞藏;宋天禧元年(1017年)，重修后的長(zhǎng)干寺改稱天禧寺，寺塔易名"圣感";元至元二十五年(1288年)，詔改天禧寺為"元興慈恩旌忠教寺"，改塔名為"慈恩塔"。

明永樂(lè)六年(1408年)毀于火，永樂(lè)十年(1412年)明成祖朱棣敕工部于原址重建，明成祖以紀(jì)念明太祖和馬皇后為名，命工部于此重建大報(bào)恩寺及九層琉璃寶塔，按照宮闕規(guī)制，征集天下夫役工匠十萬(wàn)余人，費(fèi)用計(jì)錢糧銀二百五十萬(wàn)兩、金錢百萬(wàn)，歷時(shí)十九年始完工。"依大內(nèi)圖武，造九級(jí)五色琉璃塔，曰第一塔，寺曰大報(bào)恩寺"。