巴西國家博物館原本館藏兩千萬歷史資料及文物，包括古埃及、古希臘羅馬文物，拉丁美洲多個民族不同年代的文物及藝術品、巴西500年歷史文獻資料等。

巴西國家博物館的展品有動物、昆蟲、土著居民的餐具、恐龍化石、牙齒像軍刀一樣的虎骨、埃及木乃伊、魚標本、哥倫布時代前的美麗陶器、南美考古器物、隕石、化石等，此外，還有展示巴西各族風情的展覽。地中海文化部分則收藏總計約750件館藏，主要包括希臘，羅馬，伊特魯里亞和伊塔利奧特的文物。

2026年01月15日，巴西國家博物館發(fā)生火災，博物館僅有10%的館藏得以幸存，包括隕石、礦石和部分陶藝收藏等。