7月6日，細(xì)川高國(guó)迎義晴上洛，8月29日行參賀之禮。朝廷接受高國(guó)的建議，于11月25日任命足利義晴為右馬頭。12月24日義晴元服后，次日就被任命為第12代將軍。

二、近江幕府（桑實(shí)寺等）

大永6年（1526年），細(xì)川高國(guó)的家臣香西元盛被殺，細(xì)川氏內(nèi)部糾紛因此而起。與高國(guó)對(duì)立的細(xì)川晴元，在阿波國(guó)人三好元長(zhǎng)的援助下，擁立義晴之弟義維，并與高國(guó)開(kāi)戰(zhàn)。

元盛的被殺后，其兩位兄長(zhǎng)波多野稙通、柳本賢治等叛離高國(guó)。大永7年（1527年），桂川原之戰(zhàn)中細(xì)川高國(guó)被打敗，細(xì)川晴元及實(shí)權(quán)掌握者三好元長(zhǎng)等人攻入京都。足利義晴與細(xì)川高國(guó)、武田元光等人逃亡至近江國(guó)（今滋賀縣）。

享祿元年（1528年），在近江國(guó)人朽木稙綱的幫助下居住在朽木（興圣寺），以若狹守護(hù)武田元光等軍事勢(shì)力為后盾，同三好元長(zhǎng)所擁立堺公方足利義維對(duì)立。享祿4年（1531年），細(xì)川高國(guó)在中島之戰(zhàn)中被打敗，不久又在大物崩中兵敗自殺身亡。

戰(zhàn)后細(xì)川晴元與三好元長(zhǎng)對(duì)立。天文元年（1532年），細(xì)川晴元聯(lián)合本愿寺的一向一揆對(duì)抗三好元長(zhǎng)（享祿天文之亂），足利義晴移駕近江國(guó)的桑實(shí)寺，試圖回到京都。

晴元在得到本愿寺之協(xié)力下廢去堺公方義維，三好元長(zhǎng)也被殺。天文3年（1534年）在六角定賴、六角義賢父子為后援下，義晴得歸回京中。