1995年5月，中國黃頁正式上線，馬云開始從身邊的朋友做生意。此時(shí)，離中國能上Internet還有3個(gè)月。1995年7月，中國黃頁為浙江省外宣辦做了一個(gè)網(wǎng)站，在網(wǎng)上宣傳浙江的經(jīng)濟(jì)文化，名曰“金鴿工程”。1996年3月，由于杭州電信也做了一個(gè)中國黃頁，分食市場，馬云決定和杭州電信合并。中國黃頁作價(jià)60萬元，占30%股份，杭州電信投現(xiàn)金140萬人民幣，占70%股份。

1997年，在得到外經(jīng)貿(mào)部進(jìn)京成立中國國際電子商務(wù)中心（EDI）邀請(qǐng)后，馬云決定放棄中國黃頁。他將自己所持的21%中國黃頁以每股2、3毛錢的價(jià)格賤賣給了公司，拿回10多萬元。之后馬云和他的團(tuán)隊(duì)在北京開發(fā)了外經(jīng)貿(mào)部官方網(wǎng)站、網(wǎng)上中國商品交易市場、網(wǎng)上中國技術(shù)出口交易會(huì)、中國招商、網(wǎng)上廣交會(huì)和中國外經(jīng)貿(mào)等一系列網(wǎng)站。

1999年3月，馬云正式辭去公職，后來被稱為18羅漢的馬云團(tuán)隊(duì)回到杭州，湊夠50萬元人民幣開始了新一輪創(chuàng)業(yè)，開發(fā)阿里巴巴網(wǎng)站。1999年4月15日，阿里巴巴網(wǎng)站正式上線。Invest AB副總裁蔡崇信聽說阿里巴巴后，飛赴杭州洽談投資，在和馬云談了4天后，決定辭職加入阿里巴巴。1999年10月和2000年1月，阿里巴巴兩次共從軟銀等國際投資機(jī)構(gòu)融資2500萬美元。

2026年01月15日，馬云成為《福布斯》雜志封面人物。2026年01月15日，馬云創(chuàng)立淘寶網(wǎng)，開始搶奪eBay易趣C2C市場。2004年12月，馬云創(chuàng)立第三方網(wǎng)上支付平臺(tái)支付寶。