隨著西方國家率先掌握了遠洋捕鯨技術(shù)，明治政府擔心日本近海會出現(xiàn)了美國、英國、俄國等國捕鯨船的頻現(xiàn)與活躍，1897年（明治30年）頒布了《遠洋漁業(yè)獎勵法》，加快了日本捕鯨的現(xiàn)代化。

有統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示，1908年活躍在日本的捕鯨公司多達12家，捕鯨船28艘。明治政府認識到有必要將日本近海的鯨魚數(shù)量保持在一定頭數(shù)范圍，避免過度競爭，1902年頒布了《鯨漁取締規(guī)則》，將全日本的捕鯨船控制在30艘以內(nèi)。

進入昭和時代以后，母船式遠距離捕鯨技術(shù)開始投入實踐，當時的日本捕鯨株式會社（現(xiàn)在的日本水產(chǎn)株式會社）、大洋捕鯨株式會社（現(xiàn)在的Maruha Corporation）開始在南極捕殺白長須鯨捕鯨，主要用來生產(chǎn)供出口的鯨油以便獲得外匯。

第二次世界大戰(zhàn)期間，更多的捕鯨船被征用于軍事，母船式捕鯨一度中斷。但在1946年，日本又開始重建船只，捕殺鯨魚用于肉食和出口鯨油，捕鯨船隊急速擴張，最多多大7大船隊，1950年代末期成為世界最大的捕鯨國。

IWC于1982年決定暫停商業(yè)捕鯨，日本作為組織成員之一，在多方夾擊下于1988年起停止商業(yè)捕鯨。但科學研究卻轉(zhuǎn)而成為日本持續(xù)捕殺鯨魚的借口，做法惹來諸多爭議。2025年安倍政府將持續(xù)的科研捕鯨納入法律，以期重啟商業(yè)捕鯨，更是獲得擁護者大力支持。

2026年01月15日，日本政府基本決定退出國際捕鯨委員會，重啟商業(yè)捕鯨，最快將于下周退出方針。