玄燁即位，年號(hào)康熙。七年，麻勒吉進(jìn)官為江南江西的兩江總督，成了一名封疆大吏。此處是重要糧食產(chǎn)地，軍事位置極為重要，麻勒吉上任后，仔細(xì)調(diào)查，發(fā)現(xiàn)此地問題嚴(yán)重。

位于杭嘉湖平原上的吳淞河，?？趧⒑涌?，因年久失修，而常常淤積，雨季一到，河水排泄不暢，泛濫成災(zāi)，周圍良田和房屋多被淹沒。但官府卻照原有的田畝征收田糧，使得民怨沸騰。麻勒吉上書朝廷，要求已淹沒的土地不再征收，新淹沒的暫停征收；并以當(dāng)?shù)靥锒愘c濟(jì)災(zāi)民?？滴醯蹨?zhǔn)其奏。當(dāng)?shù)匕傩章動(dòng)嵑?，歡呼雀躍。

后來，布政使幕天顏建議浚劉河、浚吳松江，建水閘以蓄泄。麻勒吉很贊同，上書朝廷，請(qǐng)求用當(dāng)?shù)囟愩y14萬兩充當(dāng)修河費(fèi)用。朝廷允準(zhǔn)，民眾皆稱頌麻勒吉大人賢明。

民眾的熱情還未消退。贏得了極大聲譽(yù)的麻勒吉卻出事了。    原來，京口將軍李顯貴、鎮(zhèn)江府知府劉元輔侵吞士兵糧餉，被士兵告發(fā)。

康熙帝遣侍郎勒德洪去調(diào)查此案，證據(jù)確鑿?？滴醮笈?，逮捕了李顯貴、劉元輔，并以失察罪逮捕麻勒吉，押回京師審問。

兩江百姓聞?dòng)嵑?，選舉代表赴京，為麻勒吉喊冤叫屈。給事中姚文然也上書康熙，條陳麻勒吉為兩江百姓擁戴，他的罪名輕重，尚有待于進(jìn)一步核實(shí)。這樣，麻勒吉才獲釋，官復(fù)原職，但官品降了二級(jí)。

康熙十二年，有人上奏麻勒吉復(fù)任以來未見政績(jī)，辦事不勤勉，應(yīng)降二級(jí)任別的官職。麻勒吉的總督之職便被罷免，去兵部當(dāng)了一名督捕理事官。

然而此年冬，吳三桂自封為“天下都招討兵馬大元帥”，起兵反清，多事之秋正是用人之際，康熙下令重新起用麻勒吉，命他赴揚(yáng)威將軍，簡(jiǎn)親王喇布軍前辦事，后又命他統(tǒng)兵鎮(zhèn)守桂林。