小屯殷墟因出土甲骨出名之后，古董商、藥材商蜂擁而至。殷墟現(xiàn)場受到嚴重破壞。傅斯年遂呈請中央研究院院長批準，由史語所考古組正式組織人員去小屯發(fā)掘。開始困難重重，一些人的地方主義、利己主義、風頭主義一時俱來，他們阻撓發(fā)掘或強制停止發(fā)掘。

傅斯年親到開封（當時河南省政府所在地），上靠南京政府的權威，下依河南開明人士的支持，也靠傅斯年的辦事才干，人事關系才得疏通好，發(fā)掘工作才得順利進行。

從1928年到1937年，10年時間，殷墟發(fā)掘大小共進行15次。傅斯年在百忙中，數(shù)次親到小屯視察指導。規(guī)模最大的一次發(fā)掘是第13次，時在1935年夏。傅斯年偕同法國漢學家伯希和來到安陽。

石璋如回憶說：“那時是殷墟第13次發(fā)掘，所用人力在三百人以上，為殷墟發(fā)掘以來規(guī)模最大的一次，也是中國的考古工作在國際間最煊赫的時期。約在五月中旬，氣候已經相當?shù)臒崃耍头▏臇|方學者伯希和先生到達安陽……伯希和先生對著那樣偉大的陵墓，那樣排列整齊的小墓，那樣大量并精美的燦爛的器物，在孟真所長面前，不斷的驚訝和贊嘆！”

九·一八事變以后，日軍侵華形勢日急。殷墟發(fā)掘被迫停止下來。在中國近代科學考古史上，傅斯年是第一功臣。這是他對中國學術事業(yè)的大貢獻。

四、教育事業(yè)

傅斯年是北京大學培養(yǎng)出來的，對北大特有感情，在他一生的事業(yè)中，對北大也是特有貢獻的。1930年代是北大輝煌的盛世，教授陣營盛極一時，名家胡適、傅斯年、錢穆、陶希圣、孟森、湯用彤等都是北大教授，陳寅恪等都在北大講課。