章程擴(kuò)大了駐藏大臣的職權(quán)，并首次正式規(guī)定了達(dá)賴?yán)锏氖浪讬?quán)力。此后，西藏地方的政治權(quán)力由噶倫俗官系統(tǒng)轉(zhuǎn)入達(dá)賴?yán)锷傧到y(tǒng)之手，噶廈則成為達(dá)賴?yán)飳傧碌霓k事機(jī)構(gòu)。噶倫的權(quán)力被大大削減，終清一代噶倫專權(quán)的情形不再出現(xiàn)。

乾隆五十八年（1793年），清軍平定廓爾喀后，福康安奏請頒行《欽定藏內(nèi)善后章程》，更加細(xì)化了噶廈的職權(quán)。清末，駐藏大臣聯(lián)豫推行新政，趙爾豐主持改土歸流，噶廈權(quán)力一度受到削弱。

1911年辛亥革命后，駐藏大臣制度終結(jié)。民國時期，雖然北洋政府改設(shè)西藏辦事長官一職，其后的國民政府又設(shè)立蒙藏委員會駐拉薩辦事處，但實(shí)際上無力對西藏內(nèi)部事務(wù)施加影響。

噶廈成為西藏的最高行政機(jī)構(gòu)，直屬于達(dá)賴?yán)锿恋羌未?。第五世熱振呼圖克圖執(zhí)政及達(dá)札活佛攝政時期，噶廈的權(quán)力達(dá)到頂點(diǎn)，實(shí)際上成為西藏地方政府。

1959年以前，西藏地方政府又稱噶廈政府。噶廈設(shè)有噶倫四人，三俗一僧，他們的地位是三品（這也是清朝的規(guī)定，達(dá)賴?yán)餅槎?，攝政為二品，噶倫為三品），一切重要事務(wù)，都由噶廈議決后呈達(dá)賴?yán)锘驍z政核準(zhǔn)執(zhí)行。

如果有噶廈不能決定的重要事務(wù)，如戰(zhàn)爭、議和、選舉攝政及達(dá)賴轉(zhuǎn)世等問題，就由噶廈呈請達(dá)賴?yán)锘驍z政召開“民眾大會”，藏語稱“沖都”，與會的是各機(jī)關(guān)官員代表、三大寺堪布和貴族代表；農(nóng)奴和奴隸是沒有資格參加的。