建興八年（230年），費(fèi)祎轉(zhuǎn)為中護(hù)軍，后又為司馬。當(dāng)時(shí)軍師魏延與長史楊儀互相憎惡對方，每次并坐皆爭論，魏延常舉刀刃指向楊儀作威嚇，楊儀則泣涕橫集。費(fèi)祎常介入二人坐間，為他們諫喻分別，以釋其意，因此諸葛亮在世之時(shí)，可以各盡魏延、楊儀之所用者，全賴費(fèi)祎從中匡救之力。

建興十二年（234年）秋天，諸葛亮在五丈原病故，密與費(fèi)祎、長史楊儀、護(hù)軍姜維等安排身歿之后退軍的節(jié)度，令魏延斷后，姜維次之；若魏延或不從命，軍便自發(fā)。亮死后，軍中秘不發(fā)喪，楊儀便使費(fèi)祎往揣魏延之意。

魏延道：“丞相雖亡，我自見在。府親官屬便可將喪還都入葬，我自當(dāng)率領(lǐng)諸軍擊賊，豈何以一人之死而廢天下之事呢？而且我魏延是甚么人，會(huì)為楊儀所部勒，作斷后將嗎！”便與費(fèi)祎共作行留部分，令費(fèi)祎與他手書連名，告下諸將。

費(fèi)祎知其不妙，便訛道：“我當(dāng)為君回去勸解楊長史，長史是文吏，甚少管知軍事，他必不違命?！庇谑浅鲩T馳馬而去，魏延尋悔，但已追之不及了。

建興十二年至建興十三年（235–236年），費(fèi)祎為后軍師。初時(shí)，楊儀為先主劉備的尚書，而蔣琬為尚書郎，后來雖然俱為丞相參軍長史，然而楊儀每次從行，都身當(dāng)軍中的勞事劇務(wù)，又自以年宦先于琬，才能亦逾于琬，于是怨憤形于聲色，嘆咤之音發(fā)于五內(nèi)。

當(dāng)時(shí)人們畏其言語不節(jié)制，莫敢相從，惟有后軍師費(fèi)祎前往加以慰省。楊儀常對費(fèi)祎訴恨，前后云云數(shù)遍，又向費(fèi)祎道：“往者丞相亡沒之際，我若舉軍以降魏，處世會(huì)當(dāng)落得如此境地嗎！這實(shí)在令人追悔不可復(fù)及。”費(fèi)祎乃密表其言于上。