為了使大學(xué)能承擔(dān)起教學(xué)，科研雙重任務(wù)，他極力主張“凡大學(xué)必有各種科學(xué)的研究所”。他在《論大學(xué)應(yīng)設(shè)各科研究所之理由》的文章，詳列了三點理由：

一是“大學(xué)無研究院，則教員易陷入抄發(fā)講義不求進(jìn)步之陋習(xí)。”

二是設(shè)立研究所，為大學(xué)畢業(yè)生深造創(chuàng)造條件。

三是使大學(xué)高年級學(xué)生得以在導(dǎo)師指導(dǎo)下，有從事科學(xué)研究的機會。

五、五育并舉

蔡元培是第一位提出“軍國民教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育、美感教育皆近日之教育所不可偏廢”的教育思想家，主張五育并舉，這是蔡元培教育思想的一個顯著特點。

1、軍國民教育

（一）從國外環(huán)境看來，中國處于“鄰強交逼，亟圖自衛(wèi)，而歷年喪失之國權(quán)，非憑借武力，勢難恢復(fù)?！?/p>

（二）就國內(nèi)情況而言，要打破軍人成為“全國中特別之階級”的局面，就“非行舉國皆兵之制，否則無以平均其勢力”。

2、實利主義教育

實利主義教育被蔡元培認(rèn)為是富國的手段，他認(rèn)為世界的競爭不僅僅是在武力，尤其是在財力。因此加強科學(xué)技術(shù)教育，提高生產(chǎn)力，發(fā)展國民經(jīng)濟，國家 富強才能夠在世界競爭中生存下來。

3、公民道德教育

他把西方近代資產(chǎn)階級“自由、平等、博愛”的道德觀念，分別比做中國古代儒家所提倡的“義、恕、仁”。他主張廣泛吸收國外文化，同時“必?fù)衿淇梢韵叨罩?，并且“必須以“我”食而化之，而毋為彼此所同化”，他批評有些志行薄弱者，一到國外留學(xué)，“即棄捐其“我”而同化于外人”。