元惠宗戰(zhàn)敗后于明洪武三年（1370年）在應(yīng)昌去世，元昭宗即位后北逃至漠北和林。明將馮勝奪取了甘肅地區(qū)。然而元將擴(kuò)廓帖木兒仍然在漠北多次與明將徐達(dá)等人作戰(zhàn)。明太祖曾多次寫信招降，但擴(kuò)廓帖木兒從不理會，被朱元璋稱為“當(dāng)世奇男子”。

明洪武十一年（1378年）四月，元昭宗去世，繼位的元天元帝繼續(xù)和明朝對抗，屢次侵犯明境。明洪武四年（1371年），元朝遼陽行省平章劉益降明，明朝占領(lǐng)遼寧南部。然而其余東北地區(qū)仍由元朝太尉納哈出控制，納哈出屯兵二十萬于金山（今遼寧省昌圖金山堡以北遼河南岸一帶），自持畜牧豐盛，與明軍對峙了十幾年，多次拒絕明朝的招撫。

明太祖派湯和等人領(lǐng)兵平定據(jù)有四川的明玉珍，并且勸降梁王未果。明洪武十四年（1381年）12月，明軍攻入云南，明洪武十五年（1382年）梁王逃離昆明并自殺，隨后明軍攻克大理，明軍平定云南地區(qū)。

明洪武二十年（1387年）馮勝、傅友德、藍(lán)玉等人發(fā)動第五次北伐，目標(biāo)是攻占納哈出的金山。經(jīng)過多次戰(zhàn)爭，同年10月，納哈出投降藍(lán)玉，明朝占領(lǐng)東北地區(qū)。鎮(zhèn)守云南的元朝梁王把匝剌瓦爾密，在元廷退回草原后仍然繼續(xù)效忠之。明太祖為了徹底掃除北元勢力，于明洪武二十一年（1388年）5月命藍(lán)玉率領(lǐng)明軍十五萬發(fā)動第六次北伐。

明軍橫跨戈壁至捕魚兒海（今中蒙邊境之貝爾湖）擊潰元軍，俘虜八萬余人，元天元帝和他的長子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明軍擒住，至此北元國勢大衰。明洪武二十一年（1388年）元天元帝被阿里不哥后裔也速迭爾殺害，北元不再使用年號。