結(jié)論一出，朝野再度嘩然，落榜的北方舉人們并不接受，認(rèn)為其中還是有鬼。朝中許多北方籍官員紛紛抨擊，要求再次選派人手，對考卷進(jìn)行重新復(fù)核，并嚴(yán)查所有涉案官員。還有人上告說劉三吾﹑白信蹈為掩蓋真相，暗中囑咐張信等人故意以陋卷進(jìn)呈。

對于這種局面，朱元璋五月突然下詔，指斥本次科舉的主考劉三吾和副主考白信蹈為“藍(lán)玉余黨”，稱劉三吾十余年前曾上書為胡惟庸鳴冤，將其認(rèn)定為“反賊”。因劉三吾年歲已高，將他發(fā)配西北戍邊，將白信蹈、張信斬首分尸。

福建閩縣的狀元陳安阝被處死，浙江江陰的探花劉仕諤被發(fā)配戍邊，后被召回，又被彈劾處死。其余涉案官員全部受到嚴(yán)懲，調(diào)查組十二人中只有兩人得免，因?yàn)樗麄冊趶?fù)核試卷后，為迎合上意，開列的中榜名單上有北方舉人。

六月，朱元璋親自策問，再度錄取六十一名，殿試以黃觀為第一名﹑韓克忠為第二名﹑王恕為第三名，是為夏榜。因所錄六十一人全為北方人，又稱北榜。

這件南北榜案是明朝科舉大事件，開明朝分南北取士之先例，至洪熙帝以后遂成定制。從此明朝科舉不再是全國統(tǒng)考，而是分成南北榜，即南北方的學(xué)子，按照其所處地域進(jìn)行考試，分別會試錄取后，再統(tǒng)一參加殿試，這種制度此后沿用于整個明清兩朝。