1939年4月至5月參加隨棗會戰(zhàn)。

1941年1月至2月參加豫南會戰(zhàn)。

1943年9月調(diào)離第五戰(zhàn)區(qū)，升任國民政府軍事委員會委員長（蔣介石）漢中行營主任，負(fù)責(zé)指揮第一、第五、第十等三個戰(zhàn)區(qū)。

1945年5月在國民黨第六次全國代表大會上，繼續(xù)當(dāng)選為中央監(jiān)察委員會委員。

五、解放戰(zhàn)爭

1945年1月-1946年7月，李宗仁擔(dān)任國民政府軍事委員會北平行營主任（后改稱國民政府主席北平行轅主任），支持蔣介石發(fā)動全國規(guī)模的反共反人民內(nèi)戰(zhàn)，參與對解放區(qū)的軍事進(jìn)攻。期間（1945年2月-1945年9月），擔(dān)任軍事委員會委員長漢中行營主任。

1946年7月-1949年，擔(dān)任國民政府主席行轅北平行轅主任。

1948年4月，李宗仁當(dāng)選為中華民國副總統(tǒng)（總統(tǒng)蔣介石）。遼沈、淮海、平津三大戰(zhàn)役之后，國民黨精銳主力部隊(duì)大部被殲，國民黨統(tǒng)治面臨覆滅命運(yùn)，蔣介石被迫于1949年1月21日宣布下野。

1949年1月22日，李宗仁就任中華民國代總統(tǒng)?；孟胪ㄟ^“和談”，阻止人民解放軍渡過長江，派代表團(tuán)到北平談判，但最后又拒絕在中國共產(chǎn)黨提出的和平條件《國內(nèi)和平協(xié)定》上簽字。

1949年4月21日，毛澤東、朱德下達(dá)全國進(jìn)軍的命令，人民解放軍百萬大軍橫渡長江。1949年4月23日，人民解放軍攻占南京，國民黨反動統(tǒng)治被推翻。此后，先后退到桂林、廣州，繼續(xù)組織國民黨軍隊(duì)進(jìn)行頑抗。