旋即改任提督京城巡捕。給事中邵庶曾經(jīng)彈劾李如松及其弟、副總兵李如柏不法的行為，并請(qǐng)神宗對(duì)李如松稍加抑制，“以全終始”，但神宗不納。

萬(wàn)歷十五年（1587年），李如松出鎮(zhèn)宣府，為宣府總兵官。宣府巡撫許守謙曾檢閱軍事操練，李如松不守武將尊文官之慣例，直接引許守謙與自己同坐。

參政王學(xué)書(shū)勸解李如松，二人爭(zhēng)執(zhí)不下，幾乎要?jiǎng)邮譅?zhēng)斗。巡按御史王之棟因此劾奏李如松“驕橫”，同時(shí)彈劾王學(xué)書(shū)，神宗奪去二人俸祿，以示懲戒。

不久后，李如松又被參奏，給事中葉初春請(qǐng)將李如松調(diào)離宣府，神宗于是命其與山西總兵李迎恩換鎮(zhèn)。其后，他在軍政考選時(shí)數(shù)次被科道官?gòu)椲?。神宗?duì)李如松始終寵眷，并不因彈劾而改變，后更將李如松召回任中軍都督府僉書(shū)。

二、揚(yáng)名西北

萬(wàn)歷二十年（1592年），寧夏鎮(zhèn)原副總兵哱拜（韃靼人，東蒙古族）父子與蒙古河套部落勾結(jié)發(fā)動(dòng)叛亂，連克中衛(wèi)、廣武、玉泉營(yíng)、靈州（今寧夏靈武）等城，“全陜震動(dòng)”，明朝政府派去平叛的幾支軍隊(duì)也都打了敗仗。

是年四月，經(jīng)御史梅國(guó)楨舉薦，李如松臨危受命，出任提督陜西討逆軍務(wù)總兵官，統(tǒng)遼東、宣府、大同、山西兵及浙兵、苗兵等進(jìn)行圍剿。這就是著名的“萬(wàn)歷三大征”中的第一征。

六月，李如松率平叛大軍抵達(dá)寧夏。七月，命明軍麻貴部出擊，擊敗蒙古河套部落，追奔至賀蘭山，將其盡逐出塞，剪除了叛軍的外援。與此同時(shí)，各路援軍將寧夏城團(tuán)團(tuán)包圍。

李如松在仔細(xì)觀察了地形和寧夏城防之后，下令決開(kāi)黃河，水淹寧夏城。城內(nèi)彈盡糧絕，軍心渙散，斗志全無(wú)，叛軍失去外援，內(nèi)部也發(fā)生了火并。