在歷史上，南堂多次失火，多次重建，最后一次重建是光緒三十年（1904年），在1900年的庚子事變中，南堂被義和團拳民燒毀。據(jù)《庚子日記》之類的野史、筆記所云，在義和團運動中，拳民在教堂里不但抓住了不少里通外國的“二毛子”，而且還搜出不少“火器”、刀槍和一壇壇“穢物”，據(jù)說這些所謂“穢物”是一壇壇被教徒殺害的小孩的耳朵、眼珠和四肢等等?，F(xiàn)在看來“穢物”之說，是有人杜撰和想象出來的，也是義和團火燒教堂的主要理由之一。

南堂系古羅馬式建筑，看起來與羅馬的教堂無異。當年教堂內還有首善書院和歷局。歷局專門出版、印刷時憲書（皇歷），清代改稱時憲書局，仍然印刷“皇歷”。

在“文革”中，南堂自然也受到了破壞，1979年被列為市級文物保護單位并加以修葺。因宗教政策得到了落實，教徒可以自由禮拜舉行宗教活動，尤其是“圣誕節(jié)”的前夜（每年12月24日），這里人山人海，甚是熱鬧。

清學部舊址

清學部舊址，區(qū)級文物保護單位。位于西城區(qū)教育街。原為敬謹親王尼堪府邸。清光緒三十一年（1905）清政府設學部在此。原府坐北朝南，府門5間，銀安殿面闊五間，前出丹墀，東西翼樓各面闊五間；啟門3間，神殿5間，遺念殿（后罩樓）7間。東院有花園。辛亥革命后學部改教育部。國民政府南遷后，此處為國民黨市黨部。后部分改觀，銀安殿院建起樓房。舊址存有文物建筑120間，建筑面積3 642平方米，由武警招待所和北京外事職業(yè)高中使用。