朝陽門在清代也曾多次被修繕，但城門形制仍未有太大特殊之處，《北京的城門與城墻》的作者瑞典人喜仁龍稱朝陽門城樓結(jié)構(gòu)普通，形制與其相對的平則門（今阜成門）城樓相同，僅在細(xì)部存在著差異。唯一的特點(diǎn)就是寬度較其他城樓要大，各尺寸數(shù)據(jù)也較平則門略大。

由元至清，甚至延續(xù)到20世紀(jì)50年代，齊化門（朝陽門）一帶是經(jīng)濟(jì)繁盛之地。北京城中，除“前三門”外，就以朝陽門關(guān)廂最為熱鬧。朝陽門關(guān)廂的熱鬧主要得益于京杭大運(yùn)河。早在隋朝就已開通的這條大運(yùn)河，在蒙古人統(tǒng)治的元朝依然發(fā)揮著巨大的作用，成為連接北京與南方各省的一條重要交通命脈。而朝陽門，正是離大運(yùn)河北端重要碼頭——通州碼頭最近的一個(gè)城門。

通州碼頭在朝陽門正東40里，那時(shí)離京南去的官員客商，或是由南人京朝覲、經(jīng)商的官員與客商，都要在朝陽門經(jīng)停。因此，朝陽門下往來客商川流不息，一片車水馬龍之景，各行各業(yè)的商人看到這巨大的商機(jī)，都爭相在朝陽門關(guān)廂開設(shè)店鋪。

更為重要的，這里是漕運(yùn)糧食的必經(jīng)之門，經(jīng)大運(yùn)河運(yùn)達(dá)北京的南方糧米，在東便門或通州裝車，通過朝陽門進(jìn)城，儲(chǔ)存在城內(nèi)的各大糧倉中。時(shí)至今日，朝陽門附近仍有許多有“倉”字的地名存在（如海運(yùn)倉、北新倉等），間接佐證了朝陽門的這一功能。

1900年，八國聯(lián)軍攻打北京城時(shí)朝陽門最先被攻破，朝陽門系列建筑也遭到炮轟。但這畢竟是外來的破壞，主動(dòng)的拆除始于1915年，和正陽門等幾個(gè)內(nèi)城城門一樣，朝陽門的甕城也消失在這一年修建環(huán)城鐵路的過程中。