作為一方父母官，他深知百姓疾苦。于是，李元芳冒死上書：請求廢除讓宛平民眾深受其苦的七件事，還談及世宗皇帝煉丹求仙的害處。上書之后，他便“布襪青衣”，坦然等待受罰。

躲居深宮的世宗最反感臣子上書，李元芳上書后5天沒有消息。當(dāng)時(shí)群臣們紛紛議論說“兇多吉少”。誰知世宗皇帝看完奏折后一一批準(zhǔn)了。消息傳來，宛平縣百姓拍手稱快。

七條諫書受皇帝批準(zhǔn)后，有人以為世宗對李元芳青睞有加，便推薦讓其擔(dān)任臺諫——負(fù)責(zé)專職為皇帝提意見。宦官們暗中多方阻撓，最后李元芳只得出任登州府（今山東蓬萊）同知，幾年后轉(zhuǎn)任山西潞安府（今山西長治）同知。任職其間，由于政績顯著，山西巡撫和按察使一起呈文，請擢升李元芳任潞安府知府。誰知，宛平縣的惠安伯等人聯(lián)合宦官，誣告李元芳“拉攏關(guān)系，巴結(jié)上司”，雖然最后吏部查無實(shí)據(jù)，不了了之，但李元芳受不了這種打擊，稱病回歸故里秦安，閉門不出，頤養(yǎng)天年。

嘉靖三十二年（1553年）12月21日，李元芳與世長辭，只留下一篇《安命賦》和一世清白名聲。