謀反尚在計(jì)劃中，不料朱元璋已先發(fā)制人。經(jīng)過一番審訊，朱元璋在《昭示奸黨錄》中宣布胡惟庸犯有“竊持國柄，枉法誣賢，操不軌之心，肆奸欺之蔽，嘉言結(jié)于眾舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，謀危社稷，私通日本、蒙古”等罪狀，下令賜胡惟庸與陳寧死刑，誅連三族并誅涂節(jié)，余黨皆連坐而死。被殺的胡惟庸的黨羽共有1.5萬余人。

洪武二十六年（1393年）因大將軍藍(lán)玉專橫跋扈，被告謀反，朱元璋又興起了“藍(lán)玉之獄”。洪武二十五年（1392年）八月，藍(lán)玉的親家、靖寧侯葉升因胡案被殺。藍(lán)玉擔(dān)心葉升的同僚把他給招出來，怕被朱元璋治罪，便想先發(fā)制人，起兵謀反，于是便與心腹密謀策劃，決定在第二年的二月十五日朱元璋外出時(shí)起事。

洪武二十六年（1393年）二月初，離藍(lán)玉計(jì)劃謀反的日子不遠(yuǎn)，早已有所察覺的錦衣衛(wèi)特務(wù)做好了逮捕藍(lán)玉的準(zhǔn)備。二月初八日，藍(lán)玉入朝，立刻被逮捕，10天后就被處死，其家人亦全部被殺，朱元璋又借此機(jī)會除掉了功臣、文武大官2萬人。