在調(diào)查過程中，麥克法蘭曾透露秘密交易事先得到過里根總統(tǒng)的批準(zhǔn)。白宮辦公廳主任里甘卻說，里根總統(tǒng)沒有同意向伊朗出售武器。司法部長米斯也說，里根總統(tǒng)只是在美伊交易成為事實(shí)盾才得知這一情況的。但是，麥克法蘭卻在聽證會(huì)上肯定地說，他通知以色列向伊朗運(yùn)送武器時(shí)，確實(shí)得到過里根總統(tǒng)的批準(zhǔn)，時(shí)間是1985年8月6日或7日。

調(diào)查還證實(shí)，秘密交易的部分款項(xiàng)確實(shí)援助給尼加拉瓜的反政府武裝。盡管美國國會(huì)早在1984年春季就通過法案，禁止兩年內(nèi)對(duì)尼加拉瓜提供軍事援助。但白宮卻交給國家安全委員會(huì)助理諾思上校一個(gè)任務(wù)，要讓尼加拉瓜反政府武裝同桑地諾政府軍的戰(zhàn)爭進(jìn)行到底。

司法部長米斯透露，確有一部分美伊武器交易的款項(xiàng)到了尼加拉瓜反政府軍手中。國會(huì)特別調(diào)查委員會(huì)聲稱，他們已經(jīng)得到證實(shí)，在美國國會(huì)禁止向尼加拉瓜反政府武裝提供軍事援助期間，里根政府卻向它提供了100多萬美元的援助，這筆錢來自于美國向伊朗出售武器所得的利潤。然而，里根一再表示他事先并不知道此事。

1987年5月1日至8月3日，美國國會(huì)在參眾兩院美伊武器秘密交易事件特別調(diào)查委員會(huì)舉行了聯(lián)合聽證會(huì)。調(diào)查委員會(huì)為使事件中的核心人物開口，批準(zhǔn)給予波因德克斯特和諾思等15名重要當(dāng)事人以有限豁免權(quán)，即他們的證詞不得在刑事調(diào)查和起訴中作反對(duì)他們的證據(jù)。

在聽證會(huì)期間，美國各大電視網(wǎng)都進(jìn)行了實(shí)況轉(zhuǎn)播，吸引了5000萬以上的電視觀眾。

8月12日，里根向全國發(fā)表了電視講話，承認(rèn)對(duì)伊朗門事件負(fù)有領(lǐng)導(dǎo)上的責(zé)任，并說政府已從中吸取了教訓(xùn)，但堅(jiān)持說他對(duì)款項(xiàng)轉(zhuǎn)移一事并不知情。調(diào)查結(jié)果表明，里根總統(tǒng)曾同意使用“武器交換人質(zhì)”的方案。他曾于1985午12月5日簽署了一件以武器交換人質(zhì)的文件。但里根要求他的高級(jí)助手們對(duì)美國公眾隱瞞向伊朗出售武器的事實(shí)。