鎖國(guó)體制逐漸建立，對(duì)于基督教來說絕對(duì)是一個(gè)壞消息，這意味著基督教在德川幕府看來已經(jīng)幾乎失去了在經(jīng)濟(jì)方面可以利用的價(jià)值，并且在思想文化方面成為遏制儒教學(xué)說這一官學(xué)的地位的主要威脅。

因此，被嚴(yán)厲地打壓成為基督教徒在德川家光時(shí)期無法逃脫的命運(yùn)。在家光繼承職位之后的十年間里，鎮(zhèn)壓天主教的行為愈發(fā)激烈，神父自不必說，地位比較高的信徒也幾乎絕跡。

期間，在寬永七年（1630年），以發(fā)布禁止引入中國(guó)耶穌會(huì)教士的著作的禁止令為開端，全國(guó)性的頒布宗教調(diào)查寺請(qǐng)制度，以及以長(zhǎng)崎為中心的九州地區(qū)的踏繪制度，1634年以來的以5人為一組的連坐制度等被實(shí)行開來。

另外，為了獎(jiǎng)勵(lì)起訴人而制定的褒獎(jiǎng)制度，以及天主教血統(tǒng)5代以內(nèi)的類族改制等諸多方案被采用，下到全國(guó)的各個(gè)細(xì)枝末節(jié)，都實(shí)行了嚴(yán)格的監(jiān)管制度。

三、外交

寬永十年（1633年）2月，德川家光發(fā)布了日本歷史上的第一次鎖國(guó)令。禁止奉書船以外船只渡航，此外，禁止滯留外國(guó)5年以上的日本人回國(guó)。而后，又在寬永十六年（1639年）禁止了葡萄牙船只的渡航。

另外，對(duì)于包括荷蘭人在內(nèi)的所有外國(guó)人適用生絲進(jìn)口特權(quán)，并且在長(zhǎng)崎建筑出島（荷蘭人居住地）監(jiān)禁荷蘭人，作為對(duì)荷蘭人的恩惠，特別允許了荷蘭可以同日本進(jìn)行貿(mào)易。